资格审查没通过的公司确实可以提出质疑。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

一、质疑的合法性基础

在招投标、政府采购或其他需要资格审查的场合，资格审查没通过的公司有权对审查结果提出质疑。这是基于公平、公正、公开的原则，确保所有参与竞争的公司都能在一个透明、合理的环境中进行竞争。如果公司认为资格审查过程中存在不公正、不透明或违反规定的行为，提出质疑是维护自身合法权益的正当途径。

二、质疑的提出方式与程序

1. 书面质疑：通常，质疑应以书面形式提出，明确质疑的内容、理由和依据，并附上相关证据材料。书面质疑有助于确保质疑的清晰性和准确性，也便于审查机构进行后续处理。
2. 提交对象：质疑应提交给负责资格审查的机构或部门，如招标人、采购人或相关监管机构。这些机构或部门有责任对质疑进行审查，并给出答复。
3. 审查与答复：审查机构在收到质疑后，应进行调查核实，并根据调查结果给出答复。如果质疑成立，审查机构应纠正错误的审查结果；如果质疑不成立，审查机构应说明理由，并维持原审查结果。

三、质疑可能引发的法律后果

1. 审查结果变更：如果质疑成立，审查机构可能会变更原审查结果，允许原本未通过资格审查的公司参与后续竞争。这将为公司提供新的机会，可能改变竞争格局。
2. 责任追究：如果质疑过程中发现审查机构或相关人员存在违法行为或不当行为，如徇私舞弊、滥用职权等，这些机构或人员可能会受到法律追究。这将有助于维护公平竞争的市场环境。
3. 无实质影响：如果质疑不成立，原审查结果将维持不变，公司可能无法参与后续竞争。但即便如此，提出质疑也是公司维护自身权益的一种尝试，有助于推动审查过程的透明化和规范化。

四、实际操作建议

1. 充分准备证据：在提出质疑前，公司应充分准备相关证据材料，以支持其质疑内容。证据材料应真实、合法、有效，能够证明审查过程中存在不公正、不透明或违反规定的行为。
2. 遵循程序规定：公司应严格按照规定的程序提出质疑，确保质疑的合法性和有效性。避免因程序不当而导致质疑被驳回或无效。
3. 寻求专业帮助：如果公司对质疑程序或相关法律问题不熟悉，可以寻求专业律师或法律顾问的帮助。他们可以提供专业的法律意见和指导，帮助公司更好地维护自身权益。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供更详细、更专业的法律建议。