公司系统人力资源已经通过的休假，在一般情况下是算有效的，但具体有效性还需根据休假类型、公司规章制度以及相关法律法规来综合判断。以下从不同角度进行分析：

一、休假类型与有效性

1. 法定休假：

   • 根据《劳动法》及相关规定，员工享有法定节假日、年假、病假、婚假、产假等法定休假权利。
   • 若公司系统人力资源通过的休假属于法定休假范畴，且符合法定休假条件（如提供必要的证明材料等），则该休假是有效的。

2. 公司福利休假：

   • 除了法定休假外，公司还可能根据自身情况提供额外的福利休假，如带薪休假、调休假等。
   • 若公司系统人力资源通过的休假属于公司福利休假，且该休假不违反法律法规的强制性规定，同时符合公司规章制度的规定，则该休假也是有效的。

二、公司规章制度与休假有效性

1. 规章制度合法性：

   • 公司的规章制度必须符合法律法规的强制性规定，否则无效。
   • 若公司规章制度中关于休假的规定与法律法规相冲突，则以法律法规为准，公司规章制度中的相关规定无效。

2. 规章制度执行：

   • 即使公司规章制度合法，也需要得到严格执行才能确保休假的有效性。
   • 若公司系统人力资源在审批休假时未按照规章制度执行，如未要求员工提供必要的证明材料、未按照规定的流程审批等，则可能影响休假的有效性。

三、实际操作中的注意事项

1. 保留证据：

   • 员工在申请休假时，应保留好相关证据，如休假申请单、医生证明、结婚证等，以证明休假的合法性和合理性。
   • 若公司系统人力资源已通过休假，但后续出现争议，这些证据将起到关键作用。

2. 及时沟通：

   • 若员工对休假的有效性有疑问，或公司系统人力资源在审批休假时存在疑问，应及时沟通并寻求解决方案。
   • 通过沟通，可以避免不必要的法律纠纷和误解。

四、法律后果

1. 若休假有效：

   • 员工有权享受该休假，公司不得无故拒绝或剥夺。
   • 若公司违反规定拒绝员工休假，员工有权依法维权，要求公司承担相应的法律责任。

2. 若休假无效：

   • 员工可能面临旷工等纪律处分，甚至可能被解除劳动合同。
   • 因此，员工在申请休假时应确保休假的合法性和合理性，避免不必要的法律风险。

总结来说，公司系统人力资源已经通过的休假在一般情况下是算有效的，但具体有效性还需根据休假类型、公司规章制度以及相关法律法规来综合判断。若您对休假的有效性有疑问，或遇到相关法律问题，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见。