结论：根据您描述的情况，与甲方签订的建造违法船只的劳动合同，该合同很可能被认定为无效。以下从不同角度为您详细分析：
一、合同无效的法律依据
违反法律强制性规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百五十三条：“违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。但是，该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外。违背公序良俗的民事法律行为无效。”
- 建造违法船只显然违反了国家关于船舶建造、安全、环保等方面的法律法规，因此，该劳动合同因违反法律强制性规定而可能被认定为无效。
合同目的违法：
- 劳动合同的目的是明确双方的权利和义务，保障劳动者的合法权益，同时促进用人单位的合法经营。
- 如果合同的目的本身就是违法的，如建造违法船只，那么该合同从一开始就缺乏合法基础，因此可能被认定为无效。
二、合同无效的法律后果
合同自始无效：
- 一旦合同被认定为无效，那么该合同自始就没有法律约束力。这意味着，您和甲方之间的劳动关系将不受该劳动合同的保护。
返还财产和赔偿损失：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百五十七条：“民事法律行为无效、被撤销或者确定不发生效力后，行为人因该行为取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。法律另有规定的，依照其规定。”
- 在这种情况下，您可能无法获得基于该劳动合同的劳动报酬，同时，如果因建造违法船只给您造成了损失，您有权要求甲方进行赔偿。但需要注意的是，如果您在签订合同时明知或应知该合同违法，您也可能需要承担一定的责任。
三、您的权益保护建议
立即停止违法行为：
- 既然您已经知道建造的是违法船只，那么应立即停止相关工作，避免进一步卷入违法行为。
与甲方协商解除合同：
- 您可以与甲方协商解除该劳动合同，并就解除后的相关事宜（如工资结算、赔偿等）进行协商。
寻求法律援助：
- 如果协商无果，或者甲方拒绝承担责任，您可以寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。
举报违法行为：
- 您还可以向相关部门举报甲方的违法行为，以维护社会公共利益和法律秩序。
最后，劳动合同的签订必须遵守国家法律法规，不得违反法律强制性规定或公序良俗。如果您在签订合同时对合同内容有疑问或不确定，应及时咨询专业人士或法律机构，以避免陷入法律纠纷。如果您还有其他关于合同纠纷或婚姻家庭方面的法律问题，欢迎直接向我咨询。