针对您提出的“刑事案件因证据不足未起诉，二年后发现新的证据足够起诉怎么操作”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
在刑事诉讼中，若案件因证据不足而被决定不起诉，但随后又发现了新的证据，这一情形确实需要根据不同类型的不起诉决定来采取不同的处理方式。以下是对这一问题的详细分析：
一、存疑不起诉后发现新证据
法律依据：
- 根据《人民检察院刑事诉讼规则》的相关规定，对于存疑不起诉的案件，若发现新证据且符合起诉条件，人民检察院是有权提起公诉的。
处理流程：
- 检察机关在收到新证据后，会对其进行全面审查，包括评估证据的真实性、合法性和关联性。
- 若新证据确实充分，能够证明犯罪嫌疑人的犯罪事实清楚，证据确实、充分，那么人民检察院应依法向人民法院提起公诉。
二、酌定不起诉后发现新证据
重新评估：
- 对于酌定不起诉的案件，若新证据表明犯罪嫌疑人的行为并非情节轻微，或者不符合刑法规定的不需要判处刑罚或免除刑罚的情形，那么检察院需要重新评估案件。
可能撤销原决定：
- 若重新评估的结果改变了原不起诉决定的依据，检察院可能会撤销原不起诉决定，并依法提起公诉。
- 在此过程中，检察院必须严格遵循法定程序，确保犯罪嫌疑人的合法权益得到保障。
三、法定不起诉后发现新证据
- 判断新证据的影响：
- 对于法定不起诉的案件，若新证据能够排除原有的法定不起诉情形（如追诉时效问题），那么检察院可能会重新启动刑事诉讼程序。
- 若新证据并不影响犯罪嫌疑人符合法定不起诉的本质特征，那么不起诉决定通常不会改变。
综合建议：
- 及时审查与提交：一旦发现新证据，无论是哪种类型的不起诉决定，都应立即进行详细审查和分析，并尽快向检察机关或法院提交，申请重新审查案件。
- 沟通与合作：与检察机关和法院保持密切沟通，详细说明新证据的来源及其证明力，以协助司法机关作出准确判断。
- 尊重法律程序：在处理因新证据而可能改变的不起诉决定时，必须严格遵守法定程序，确保所有当事人的合法权益得到充分保护。
综上所述，对于因证据不足决定不起诉后发现新证据的情况，应根据不同类型的不起诉决定采取相应的处理方式，并及时、准确地评估新证据的价值，采取适当的法律行动，以确保案件的公正处理。希望这些解答能对您有所帮助。