结论：付款给个人但发票由公司开具，且对方要求进入一个主体才能开具发票，这种做法是否合法不能一概而论，需要分情况讨论。
如果“进入一个主体”指的是成为该公司的合法成员或与该公司建立合法的业务合作关系，且发票开具符合税法规定：
- 在这种情况下，如果个人与该公司有真实的业务往来，且该公司按照税法规定向个人开具了合法有效的发票，那么这种做法是合法的。例如，个人作为该公司的供应商或服务提供商，提供了真实的商品或服务，公司根据实际交易情况开具发票，这是符合税法规定的。
如果“进入一个主体”是虚构的，或者发票开具存在虚假、欺诈等违法行为：
- 在这种情况下，这种做法是违法的。根据《中华人民共和国发票管理办法》等相关法律法规，发票的开具必须基于真实的交易关系，且发票的内容必须与实际交易相符。如果个人与该公司没有真实的业务往来，或者公司为了逃避税收、虚增成本等目的而开具虚假发票，那么这种行为就构成了违法行为，可能会受到税务机关的处罚，甚至可能涉及刑事责任。
做账建议：
- 对于企业而言，在收到发票时，应仔细核对发票的真实性、合法性以及与实际交易的一致性。如果发现发票存在虚假、欺诈等违法行为，应立即拒绝接收，并及时向税务机关举报。
- 同时，企业应建立完善的内部控制制度，加强对发票的管理和审核，确保发票的开具和接收都符合税法规定，避免因发票问题而引发的法律风险。
额外提醒：
- 作为个人，在参与业务往来时，也应保持警惕，确保自己的权益不受侵害。如果对方要求开具虚假发票或存在其他违法行为，应坚决拒绝，并及时向相关部门举报。
- 如果您在处理此类问题时遇到任何疑问或困惑，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律解答和建议。