结论：公司与公司签订合同，开增值税发票给公司，但打款人是个人，这种操作在特定条件下是合规合法的，但也存在不合规的风险，具体取决于交易背景、资金流向及税务处理等多个因素。以下从不同角度进行分析：
一、合规合法的情形
代付款行为：
- 解释：如果个人打款是代表公司进行的代付款行为，且该行为在公司之间有明确的约定或协议支持，同时能够证明资金的实际归属和使用情况，那么这种操作是合规的。
- 例子：A公司与B公司签订合同，约定由A公司的员工或关联方个人代为支付款项给B公司，但发票仍由B公司开具给A公司。在此情况下，只要A公司能够证明该个人打款是代表A公司的行为，且资金实际用于A公司与B公司的交易，这种操作就是合规的。
资金拆借与还款：
- 解释：如果个人打款是公司之间的资金拆借行为，且后续有相应的还款记录或协议，同时发票的开具与交易实际相符，那么这种操作也可能被视为合规。但需要注意的是，资金拆借需要遵守相关的金融法规和税务规定。
- 例子：A公司因资金周转需要，向B公司的股东或员工个人借款，并约定由该个人打款给A公司。后续A公司通过其他方式还款给B公司或该个人，并开具相应的发票。在此情况下，只要资金拆借和还款行为合法合规，且发票开具与交易实际相符，这种操作就是合规的。
二、不合规的风险
税务风险：
- 解释：如果个人打款与公司之间的交易没有直接关联，或者无法证明资金的实际归属和使用情况，那么这种操作可能被视为偷逃税款或虚开发票的行为，从而面临税务风险。
- 后果：税务机关可能对公司进行税务稽查，并要求补缴税款、滞纳金和罚款。在严重情况下，还可能涉及刑事责任。
合同风险：
- 解释：如果合同中明确约定了付款方为公司，但实际打款人为个人，且没有得到合同双方的明确同意或补充协议支持，那么这种操作可能构成违约行为，从而面临合同风险。
- 后果：合同对方可能要求公司承担违约责任，包括赔偿损失、支付违约金等。
资金安全风险：
- 解释：如果个人打款与公司之间的交易没有明确的资金监管或担保措施，那么可能存在资金被挪用或无法追回的风险。
- 后果：公司可能面临资金损失和财务困境。
三、建议与措施
完善合同条款：
- 在合同中明确约定付款方式、付款方及发票开具等事项，确保合同条款清晰、明确且合法合规。
加强资金监管：
- 建立完善的资金监管机制，确保资金的实际归属和使用情况得到清晰记录和证明。
咨询专业律师：
- 在进行此类交易前，咨询专业律师的意见和建议，确保交易行为的合法合规性。
保留相关证据：
- 保留与交易相关的所有证据和文件，包括合同、发票、付款记录等，以备不时之需。
总结：公司与公司签订合同，开增值税发票给公司，但打款人是个人，这种操作在特定条件下是合规合法的，但也存在不合规的风险。为了确保交易行为的合法合规性，建议公司完善合同条款、加强资金监管、咨询专业律师并保留相关证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。