市场监管所对商家违反合同偷工减料、以次充好行为的处理，主要依据《中华人民共和国产品质量法》《中华人民共和国消费者权益保护法》及《中华人民共和国合同法》（现《中华人民共和国民法典》合同编）的相关规定，具体处理方式如下：

1. 立案调查与证据收集
   市场监管所在接到举报或日常检查中发现商家存在偷工减料、以次充好行为时，会依法立案调查。调查过程中，监管部门会收集相关证据，包括但不限于：合同文本、产品样品、质量检测报告、消费者投诉记录、商家进货及销售记录等。若证据确凿，商家将面临行政处罚。

2. 行政处罚措施
   根据违法情节的严重程度，市场监管所可对商家采取以下处罚措施：

   • 责令改正：要求商家立即停止违法行为，限期整改，如更换合格产品、补足数量等。
     
   • 没收违法所得：若商家通过违法行为获取利益，监管部门可没收其违法所得。
     
   • 罚款：根据《产品质量法》第五十条，商家可能被处以违法生产、销售产品货值金额百分之五十以上三倍以下的罚款；情节严重的，吊销营业执照。
     
   • 责令停业整顿：若违法行为情节严重，监管部门可责令商家停业整顿。
     

3. 消费者权益保护与赔偿
   若商家的行为损害了消费者权益，消费者可依据《消费者权益保护法》第五十五条要求商家“退一赔三”，即退还货款并赔偿三倍价款（不足五百元的按五百元计算）。若商家拒绝赔偿，消费者可向市场监管部门投诉或直接向法院起诉。

4. 合同违约责任追究
   若商家与消费者或合作方签订了合同，其偷工减料、以次充好的行为构成违约。根据《民法典》合同编第五百七十七条，违约方需承担继续履行、采取补救措施或赔偿损失等责任。受害方可要求商家按合同约定履行义务，或赔偿因违约造成的损失（如差价、维修费用等）。

建议：若您作为消费者或合作方遭遇此类问题，可采取以下步骤：

1. 保留合同、付款凭证、产品样品等证据；
   
2. 向市场监管所投诉（拨打12315或通过全国12315平台）；
   
3. 若损失较大，可委托律师向法院起诉，要求商家承担行政责任与民事赔偿责任。
   

我是专业律师，擅长处理合同纠纷、产品质量及消费者权益保护案件。若您有具体问题，可直接向我咨询。