结论：项目通过竣工验收进入质保期后，仍然需要支付农民工工资。以下从不同角度进行分析说明：

一、法律义务角度

根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者建立劳动关系后，应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这一义务并不因项目是否通过竣工验收或进入质保期而免除。农民工作为劳动者，其获得劳动报酬的权利受法律保护，用人单位必须履行支付工资的义务。

二、合同履行角度

在建设工程领域，农民工通常与施工单位或劳务分包单位签订劳动合同或劳务合同。这些合同中明确约定了工资支付的标准、时间和方式等条款。即使项目通过竣工验收进入质保期，只要农民工仍然在为项目提供劳务或履行相关职责，施工单位或劳务分包单位就应当按照合同约定支付工资。

三、质保期与工资支付的关系

质保期是建设工程合同中的一个重要条款，它规定了施工单位在工程竣工后对工程质量承担保修责任的期限。然而，质保期并不等同于工资支付期限。质保期的设置是为了保障工程质量，而工资支付则是基于劳动者提供的劳务。因此，质保期的开始并不意味着工资支付的结束。

四、特殊情况处理

如果项目通过竣工验收后，农民工的工作内容发生变化，例如从施工阶段转入质保期维护阶段，且工资标准或支付方式有所调整，那么用人单位应当与农民工协商一致，并签订书面变更协议。但无论如何调整，用人单位都必须确保农民工的工资得到及时足额支付。

五、法律后果

如果用人单位在项目通过竣工验收进入质保期后拒绝支付农民工工资，将面临法律责任。农民工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位支付拖欠的工资及可能产生的经济补偿金。同时，用人单位还可能因违反劳动法律法规而受到行政处罚或承担民事赔偿责任。

建议：作为用人单位，应当严格遵守劳动法律法规，确保农民工的工资得到及时足额支付。如果遇到工资支付问题或纠纷，建议及时与农民工沟通协商，寻求妥善解决方案。如有需要，也可以向我咨询相关法律问题，我将提供专业的法律意见和帮助。