结论前置：事业单位单独扣个人补贴是否合法，需分情况讨论，具体如下：

1. 若补贴属于工资总额组成部分且扣除有法定依据
   根据《关于工资总额组成的规定》第四条，工资总额包含津贴和补贴。若事业单位扣除的补贴属于法定应扣除项目（如个人所得税、社保个人缴纳部分、法院判决的抚养费等），或符合《劳动合同法》第四十条规定的因劳动者不能胜任工作等情形经培训调岗后仍无法胜任而解除合同的经济补偿扣除（需提前30日通知或支付代通知金），则属于合法行为。例如，某事业单位员工因旷工被扣除当月交通补贴，若该补贴属于工资性补贴且单位规章制度明确旷工扣款规则，则合法。

2. 若补贴属于福利性质且扣除无合法依据
   若补贴属于单位自行发放的福利（如节日补贴、餐补等），且扣除行为违反以下情形之一，则不合法：

   • 未履行民主程序：根据《劳动合同法》第四条，涉及劳动者切身利益的规章制度（如薪酬调整、扣款规则）需经职工代表大会或全体职工讨论协商确定。若单位未履行该程序直接扣除，劳动者可主张无效。
     
   • 超出法定比例：即使扣除有依据（如违纪扣款），根据《工资支付暂行规定》第十六条，每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。例如，某员工月工资5000元，单位因违纪扣除1500元（超过20%），则违法。
     
   • 无明确约定或规定：若劳动合同或单位规章制度未明确约定补贴的发放条件及扣除情形，单位单方扣除缺乏依据，劳动者可要求返还。

建议：若您遇到此类情况，可先核对劳动合同、单位规章制度中关于补贴的约定，确认扣除是否符合法定或约定条件；若存在争议，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体处理方案。