公司以员工业绩不达标扣除员工原本劳动所得，其合法性主要取决于罚款的具体实施方式、劳动合同中的相关约定以及公司规章制度的合法性。以下是对这一问题的详细分析：
一、不合法的情况
缺乏法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》，用人单位并无直接对员工进行罚款的法定权利。工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，用人单位需按合同约定和国家规定及时足额支付。罚款作为对财产权的剥夺，需由具备行政处罚权的行政机关执行，公司并不具备此权力。
- 案例支持：在劳动争议案件中，若员工因业绩未达标被罚款并申请劳动仲裁，仲裁庭或法院往往认定此类罚款缺乏法律依据，要求公司返还扣除金额。
公司规章制度不合法或未公示：
- 如果公司规章制度中未明确提及业绩不达标扣钱的事项，或者该规章制度未经职工代表大会或全体职工讨论，未与工会或职工代表平等协商确定，也未向劳动者公示，那么公司以此为由扣减员工工资是不合法的。
- 合理性问题：即便公司有内部规章制度，若罚款标准不明确、不合理，或影响了员工的最低工资保障，该罚款行为同样可能被视为不合法。例如，业绩考核指标设定不合理、不科学，导致绝大多数员工都无法完成，以此为由扣钱属于违法行为。
扣减后工资低于最低工资标准：
- 即使员工业绩不达标，公司扣减工资后使得员工工资低于当地最低工资标准，也是违法的。最低工资标准是保障劳动者基本生活的底线，公司不能突破这个限制。
二、合法的特殊情况
劳动合同明确约定：
- 如果劳动合同中明确规定了业绩考核标准及未达标时的扣钱条款，并且这些条款不违反法律法规的强制性规定，公司可以依照约定扣减工资。但扣减后的工资必须不低于当地最低工资标准。
- 法律原理支撑：在劳动合同有明确约定的前提下，公司按照约定扣减工资是对员工工作成果的一种考核和调整方式，符合契约自由原则。但需注意，扣减工资的标准应合理、透明，且与业绩不达标之间有直接关联。
规章制度合法有效且公示：
- 公司制定的涉及扣钱的规章制度必须经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并向劳动者公示。业绩考核指标应当明确、具体、合理且可衡量，基于市场情况、公司过往业绩及员工能力等因素制定。扣钱的幅度应在合理范围内，不得过于严苛。
三、员工权益保护措施
当劳动者遇到公司以业绩不达标为由扣减工资的情况时，可以采取以下措施来保护自己的合法权益：
- 与雇主协商：首先尝试与公司进行沟通协商，了解扣减工资的具体原因和依据，并表达自己的意见和诉求。
- 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，请求相关部门介入调查并处理。
- 提起劳动仲裁或诉讼：在必要时，劳动者可以选择提起劳动仲裁或诉讼来维护自己的权益。根据相关法律法规，用人单位克扣劳动者工资的，由劳动行政部门责令其支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金。
总结来说，公司以员工业绩不达标扣除员工原本劳动所得是否合法，需根据具体情况判断。公司应确保罚款行为的合法性与合理性，员工也应了解自己的权益并采取适当措施保护自身利益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。