结论概述：控告书并非只能针对二审或再审阶段提交，其提交阶段取决于案件具体情况和控告目的。若检察院未处理控告，需根据具体情况分析原因并采取相应措施。
一、控告书提交阶段的选择
二审阶段提交控告书：
- 适用情形：若认为二审法院的判决或裁定存在错误，如事实认定不清、法律适用错误等，且希望检察院对二审法院的审判活动进行监督，可以在二审阶段向检察院提交控告书。
- 法律依据：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关司法解释，检察院有权对法院的审判活动进行法律监督，包括二审审判活动。
再审阶段提交控告书：
- 适用情形：若案件已经进入再审程序，且认为再审法院的审判活动存在违法情形，或者再审判决、裁定仍然存在错误，可以向检察院提交控告书，请求检察院对再审审判活动进行监督。
- 法律依据：同样依据《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关司法解释，检察院在再审阶段也有权对审判活动进行法律监督。
其他阶段提交控告书：
- 一审阶段：若认为一审法院的审判活动存在违法情形，如审判人员徇私舞弊、枉法裁判等，也可以在一审阶段向检察院提交控告书。
- 执行阶段：若认为执行活动存在违法情形，如执行人员滥用职权、非法处置财产等，可以在执行阶段向检察院提交控告书。
二、检察院未处理控告书的原因及应对措施
原因分析：
- 控告内容不属于检察院管辖范围：如控告内容涉及民事纠纷、行政争议等，不属于检察院刑事法律监督的范畴。
- 控告材料不齐全或不符合要求：如控告书未写明控告人、被控告人、控告请求、事实与理由等基本要素，或者未提供相关证据材料。
- 检察院认为控告理由不成立：经过审查，检察院可能认为控告所指控的违法情形不存在或不足以构成违法。
应对措施：
- 补充完善控告材料：根据检察院的要求，补充完善控告书及相关证据材料，确保控告内容清晰、证据充分。
- 申请复查或复议：若认为检察院的处理决定有误，可以依法申请复查或复议，请求检察院重新审查控告内容。
- 寻求其他法律途径：如控告内容确实不属于检察院管辖范围，可以考虑通过诉讼、仲裁等其他法律途径解决争议。
三、建议与提醒
- 明确控告目的和阶段：在提交控告书前，应明确控告的目的和希望检察院介入的阶段，以便有针对性地准备控告材料和阐述控告理由。
- 咨询专业律师：由于法律程序复杂且涉及专业法律知识，建议在提交控告书前咨询专业律师，以确保控告内容的合法性和有效性。当然，如果你有任何法律问题，也可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。
- 保持沟通与配合：在控告过程中，应积极与检察院沟通，配合检察院的调查工作，以便检察院能够全面、准确地了解控告内容并作出处理决定。