结论前置：针对您瞒着女儿偷偷把自建房确权给儿子的情况，若女儿对此有异议并准备起诉，她可以通过民事诉讼来主张自己的权益，要求确认确权行为无效或撤销该确权。以下是详细的分析和建议：
一、法律背景与依据
物权法原则：根据《中华人民共和国民法典》（原《物权法》相关原则）的规定，物权的设立、变更、转让和消灭，应当遵循法律、行政法规的规定，并应当公示。自建房作为不动产，其确权应当遵循相关法律法规，并确保所有相关权益人的知情权和同意权。
家庭共有财产：如果自建房是在家庭共同生活期间建造的，且使用了家庭共有财产或家庭成员的共同劳动，那么该房屋可能被视为家庭共有财产。在这种情况下，任何家庭成员未经其他共有人同意，不得擅自处分共有财产。
二、女儿起诉的法律依据与可能主张
确认确权行为无效：女儿可以主张，由于您瞒着她进行确权，该行为侵犯了她的知情权和共有权，因此要求法院确认该确权行为无效。
撤销确权：如果女儿能够证明您在确权过程中存在欺诈、胁迫等违法行为，或者确权行为严重损害了她的利益，她还可以要求法院撤销该确权。
三、起诉流程与建议
收集证据：女儿需要收集相关证据来证明自己的主张，包括但不限于自建房的建造时间、资金来源、家庭成员的贡献、确权过程的记录等。
撰写起诉状：女儿需要撰写一份起诉状，明确自己的诉讼请求、事实和理由，并附上相关证据材料。
提交法院：将起诉状和相关证据材料提交给有管辖权的人民法院，并按照法院的要求缴纳诉讼费用。
参与诉讼：在诉讼过程中，女儿需要积极参与庭审，陈述自己的主张和证据，并回应对方的反驳和质疑。
四、可能面临的法律后果
确权行为被确认无效或撤销：如果女儿的主张得到法院的支持，那么您瞒着她进行的确权行为可能会被确认无效或被撤销，房屋可能会重新进行确权或分配。
承担诉讼费用和其他费用：如果女儿胜诉，您可能需要承担诉讼费用和其他因诉讼产生的合理费用。
影响家庭关系：此类诉讼可能会对家庭关系产生负面影响，建议在诉讼前尽量通过协商、调解等方式解决争议。
五、建议与提醒
尊重家庭成员的权益：在处理家庭财产时，应当尊重所有家庭成员的权益和意见，避免擅自处分共有财产。
寻求专业法律帮助：由于此类诉讼涉及复杂的法律问题和家庭关系，建议女儿在起诉前咨询专业律师的意见，以便更好地维护自己的权益。
如果您或女儿有任何进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。