食堂员工查出携带大肠杆菌，是否处罚及如何处罚需分情况讨论，核心在于区分是个人健康问题还是因违规操作导致食品安全事故，具体如下：

1. 若仅为员工个人健康问题，未造成食品安全事故
   根据《食品安全法》第四十五条，食品生产经营者应建立从业人员健康管理制度，患有国务院卫生行政部门规定的有碍食品安全疾病（如痢疾、伤寒、病毒性肝炎等）的人员，不得从事接触直接入口食品的工作。大肠杆菌本身不属于法定禁止从业的疾病，但若员工携带的是致病性大肠杆菌（如O157:H7等），且未及时报告或采取隔离措施，导致食品被污染风险增加，可能面临以下处罚：

   • 行政处罚：由县级以上人民政府食品安全监督管理部门责令改正，给予警告；拒不改正的，处五千元以上五万元以下罚款；情节严重的，责令停产停业，直至吊销许可证。
     
   • 内部责任：食堂管理方可能依据内部规章制度对员工进行调岗、培训或解除劳动合同（需符合《劳动合同法》规定）。

2. 若因员工违规操作导致食品安全事故（如食品中检出超标大肠杆菌）
   根据《食品安全法》第一百二十四条，生产经营致病性微生物（包括致病性大肠杆菌）超标的食品，尚不构成犯罪的，由食品安全监督管理部门没收违法所得和违法生产经营的食品，并可没收用于违法生产经营的工具、设备、原料等物品；违法生产经营的食品货值金额不足一万元的，并处五万元以上十万元以下罚款；货值金额一万元以上的，并处货值金额十倍以上二十倍以下罚款；情节严重的，吊销许可证。

   • 员工责任：若员工故意或重大过失导致事故（如未按规定洗手、消毒，或污染食品），可能被追究行政责任；若造成严重后果（如多人食物中毒），可能涉嫌《刑法》第一百四十三条“生产、销售不符合安全标准的食品罪”，需承担刑事责任。
     
   • 单位责任：食堂作为食品生产经营者，若未履行食品安全管理义务（如未定期检查员工健康、未建立追溯体系），需承担连带责任，处罚同上。

建议：食堂管理方应立即排查污染源，采取整改措施（如加强员工健康监测、改善卫生条件），并主动向监管部门报告；若涉及消费者健康损害，需依法赔偿。如有进一步疑问，可直接向我咨询食品安全法相关问题。