宅基地办理不动产证时收取鉴定费是否合规，需分情况讨论，具体如下：

1. 若鉴定费属于法定必要费用，且收费标准经物价部门核准，则合规
   根据《不动产登记暂行条例》及地方实施细则，宅基地确权登记过程中可能涉及地籍调查、权属审核等法定程序。若当地政府明确要求由第三方机构进行土地测绘、房屋安全鉴定等必要技术性服务，且收费标准已通过物价部门备案（如《XX省测绘收费标准》），则收取鉴定费具有合法性。例如，部分地区因历史权属资料缺失，需通过专业鉴定补全登记要件，此类费用通常由申请人承担。

2. 若鉴定费属于非必要服务或超标准收费，则可能违规
   若登记部门强制要求申请人接受指定机构的鉴定服务（如要求必须由其关联企业出具报告），或收费项目未列入政府定价目录（如以“加急费”“咨询费”等名义变相收费），则涉嫌违反《优化营商环境条例》中“不得强制或者变相强制市场主体接受中介服务”的规定。此外，若收费标准超出物价部门核定的范围（如测绘费按建筑面积超额收取），亦属违规行为。

实务建议：

• 申请人可要求登记部门出具收费依据的书面文件，核对是否属于政府定价项目；
  
• 通过当地政府官网查询测绘、鉴定等服务的收费标准公示；
  
• 若发现违规收费，可向当地市场监管部门或自然资源主管部门举报，或通过行政复议、诉讼途径主张权利。
  

如有具体收费文件或遭遇情形，可进一步向我提供细节，我将结合地方性法规为您分析合规性。