在行政诉讼中，若法院确认行政行为程序违法，其判决方式主要包括以下几种：
撤销或部分撤销行政行为
- 法律依据：根据《中华人民共和国行政诉讼法》第七十条，若行政行为存在违反法定程序的情形，人民法院可判决撤销或部分撤销该行政行为。
- 适用情形：当行政行为程序违法，且不具备不应撤销的特殊情形（如撤销会给国家利益、社会公共利益造成重大损害，或程序轻微违法但对原告权利不产生实际影响等）时，法院通常会判决撤销该行政行为。若撤销后行政法律关系处于不确定状态，法院可同时判决被告重新作出行政行为。
- 示例：某行政机关在作出行政处罚决定时，未依法告知当事人陈述、申辩的权利，法院经审理认为该程序违法，遂判决撤销该处罚决定，并责令行政机关重新作出。
确认违法但保留效力
- 法律依据：根据《中华人民共和国行政诉讼法》第七十四条第一款第（一）项，若行政行为依法应当撤销，但撤销会给国家利益、社会公共利益造成重大损害，或行政行为程序轻微违法但对原告权利不产生实际影响，人民法院会判决确认该行政行为违法，但不撤销，即保留其法律效力。
- 适用情形：这种判决方式适用于那些虽然程序违法，但撤销后可能给国家利益、社会公共利益造成重大损害，或程序轻微违法且对原告权利无实际影响的行政行为。
- 示例：某市政府推动的重大民生项目虽存在审批程序瑕疵，但项目已近完工，撤销将严重影响公共利益，法院遂确认违法但不撤销。
判决被告采取补救措施
- 法律依据：根据《中华人民共和国行政诉讼法》第七十六条，人民法院判决确认违法或者无效的，可以同时判决责令被告采取补救措施。
- 适用情形：对于程序违法的行政行为，法院可根据案件具体情况，判决被告采取相应的补救措施，以弥补程序违法给原告造成的不利影响。例如，责令行政机关重新进行告知、举行听证等。
- 示例：某行政机关在作出行政许可决定时，未依法进行公示，法院经审理确认违法后，判决行政机关重新进行公示，并告知相关权利人。
赔偿判决
- 法律依据：同样根据《中华人民共和国行政诉讼法》第七十六条，若行政行为程序违法给原告造成了损失，人民法院在判决确认违法或撤销的同时，可判决被告承担赔偿责任。
- 适用情形：当行政行为程序违法且给原告合法权益造成实际损害时，原告有权在行政诉讼中一并提出赔偿请求。法院在判决确认行政行为违法的同时，会根据原告所受损失情况，判决被告给予相应的赔偿。
- 示例：某行政机关在强制拆除违法建筑时，未依法通知当事人到场，导致当事人财物受损，法院经审理确认违法后，判决行政机关赔偿当事人相应损失。
后续处理建议：
- 重新作出行政行为：若被撤销的行政行为因程序问题而失效，行政机关需在法定期限内重新依法作出行政行为，确保行政管理的连续性和有效性。
- 执行与监督：判决生效后，相关方需按判决内容执行。法院和上级行政机关会对执行情况进行监督，确保判决得到有效落实，维护法律的权威性和公信力。
- 上诉与再审：当事人对一审判决不服可在法定期限内提起上诉。若认为已生效判决有误，还可通过审判监督程序申请再审，以维护自身合法权益。
总结：在行政诉讼中，若法院确认行政行为程序违法，其判决方式多样且灵活，旨在既维护法律的严肃性，又兼顾国家利益、社会公共利益以及原告的合法权益。若您遇到相关问题，欢迎直接向我咨询，我将为您提供专业的法律帮助。