法院在审理时若发现规范性文件违反上位法，通常会不将该规范性文件作为裁判依据，并可能通过司法建议等形式反馈给制定机关，同时根据案件具体情况作出相应裁判。具体处理方式如下：

1. 不作为裁判依据：根据《中华人民共和国行政诉讼法》及相关司法解释的规定，人民法院在审理行政案件时，若发现规范性文件与上位法相抵触，将不把该规范性文件作为认定行政行为合法的依据。这是为了确保法律的统一适用和权威性，防止因下位法违反上位法而导致的不公正裁判。

2. 向制定机关提出处理建议：法院在审理过程中，若发现规范性文件存在违法情形，有权向制定机关提出处理建议。这通常是通过司法建议书的形式进行，建议制定机关对违法规范性文件进行修改或废止。制定机关在收到司法建议后，应当认真研究并反馈处理结果。

3. 层报有权机关处理：对于需要有权机关审查处理的规范性文件，法院还可以按照法定程序层报有权机关进行审查。这通常涉及将案件情况、规范性文件内容及违法理由等上报给上级法院或相关立法、行政机关，由其进行进一步审查和处理。

4. 根据案件情况作出裁判：在排除违法规范性文件作为裁判依据后，法院将根据案件事实、证据以及上位法的规定，依法作出裁判。这确保了案件的公正处理，维护了当事人的合法权益。