针对“按楼栋进行首次登记是否合法”的问题，首先需要明确的是，我国的不动产登记制度中并没有直接规定“按楼栋登记”是否合法，但根据实际操作和法律规定，我们可以进行如下分析：

一、不动产登记的基本原则

不动产登记是依法对不动产的权利归属进行确认和记录的行为，其核心原则是“依法登记、权属清晰、一物一权”。这意味着，不动产的登记必须遵循法律法规的规定，确保登记的权属清晰明确，且每一个不动产单元（如一套房屋、一宗土地等）都有唯一的权属登记。

二、按楼栋登记的可能性

1. 实际操作中的情况：

   • 在某些情况下，如企业自建的工业厂房或高标准厂房，可能会按照楼栋（或幢、层）进行首次登记。这通常是因为这些厂房在设计和建设时就以楼栋为单位进行规划和分割，每个楼栋具有相对独立的权属和用途。
   • 此外，对于大型住宅小区或商业综合体，虽然最终会按套或按层进行细分和登记，但在首次登记时，也可能会先以楼栋为单位进行整体登记，然后再逐步细分。

2. 法律依据：

   • 根据你提供的参考信息，国有建设用地使用权及房屋所有权首次登记确实存在“按幢、按层”进行的情况。这表明，在法律和实际操作中，按楼栋进行首次登记是有可能且合法的，但前提是必须符合相关法律法规的规定和权属清晰的原则。

三、注意事项

• 权属清晰：无论按何种方式进行登记，都必须确保权属的清晰和明确。这意味着，在按楼栋进行首次登记时，必须明确每个楼栋的权属边界、面积、用途等信息，并确保这些信息与实际情况相符。
• 遵循法律法规：在进行不动产登记时，必须严格遵循相关法律法规的规定。这包括提交必要的申请材料、遵守登记程序、缴纳相关税费等。
• 后续细分登记：对于按楼栋进行首次登记的情况，如果后续需要进行细分和登记（如按套、按层等），则必须按照相关法律法规的规定进行申请和办理。

综上所述，按楼栋进行首次登记在符合法律规定和权属清晰的前提下是合法的。但具体操作时还需根据当地的不动产登记政策和程序进行申请和办理。