在工伤鉴定和商业鉴定并存的情况下，公司通常会以劳动能力鉴定（即通常所说的工伤鉴定）的结果作为赔偿依据。以下是对这一问题的详细分析：
一、工伤鉴定与商业鉴定的区别
工伤鉴定：
- 定义：工伤鉴定，全称为劳动能力鉴定，是指劳动功能障碍程度和生活自理障碍程度的等级鉴定。它依据的是《工伤保险条例》及相关规定，由劳动能力鉴定委员会进行。
- 目的：确定职工因工伤导致的劳动功能障碍程度和生活自理障碍程度，以便确定相应的工伤保险待遇。
- 效力：具有法律效力，是工伤赔偿的主要依据。
商业鉴定：
- 定义：商业鉴定通常指的是由商业保险机构或第三方鉴定机构进行的鉴定，可能涉及伤残等级、医疗费用等方面的评估。
- 目的：主要用于商业保险理赔或民事赔偿纠纷的解决。
- 效力：其法律效力取决于具体的合同约定和法律规定，一般不如工伤鉴定具有普遍性和强制性。
二、公司赔偿的依据
法律依据：
- 根据《工伤保险条例》及相关规定，职工因工作遭受事故伤害或患职业病进行治疗，享受工伤医疗待遇。工伤职工经治疗伤情相对稳定后存在残疾、影响劳动能力的，应当进行劳动能力鉴定，并根据鉴定结果享受相应的工伤保险待遇。
实际操作：
- 在工伤事故发生后，公司通常会按照工伤保险条例的规定，为职工申请工伤认定和劳动能力鉴定。
- 劳动能力鉴定结果出来后，公司会根据鉴定结果和工伤保险条例的规定，计算并支付相应的工伤保险待遇，如一次性伤残补助金、伤残津贴等。
- 如果职工同时购买了商业保险，并进行了商业鉴定，商业保险的赔偿将依据保险合同和商业鉴定的结果进行，但这并不影响公司依据工伤鉴定结果进行赔偿。
三、特殊情况下的处理
商业鉴定与工伤鉴定结果不一致：
- 如果商业鉴定的结果与工伤鉴定的结果存在显著差异，公司通常会以工伤鉴定的结果为准进行赔偿。因为工伤鉴定具有更强的法律效力和普遍性。
- 如果职工对工伤鉴定结果有异议，可以依法申请重新鉴定或提起行政诉讼，但这并不影响公司按照原鉴定结果进行赔偿的义务（在重新鉴定或诉讼结果出来前，公司可能会根据原鉴定结果先行支付部分或全部赔偿）。
商业保险赔偿与工伤保险赔偿的叠加：
- 职工在享受工伤保险待遇的同时，如果符合商业保险的赔偿条件，还可以获得商业保险的赔偿。但需要注意的是，商业保险的赔偿项目和标准可能与工伤保险不同，且可能存在免赔额、赔偿比例等限制。
- 职工在获得商业保险赔偿后，不影响其依法享受工伤保险待遇的权利。公司不能因职工已获得商业保险赔偿而拒绝或减少支付工伤保险待遇。
总结来说，在工伤鉴定和商业鉴定并存的情况下，公司通常会以劳动能力鉴定（工伤鉴定）的结果作为赔偿依据。如果职工对鉴定结果有异议或涉及商业保险赔偿问题，可以依法申请重新鉴定、提起行政诉讼或与商业保险机构协商解决。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。