若公司决议变更注册资本但部分股东不同意且拒绝人脸认证，需分情况处理，核心结论如下：

1. 若变更注册资本的决议已依法通过，股东拒绝人脸认证不影响决议效力
   根据《公司法》第四十三条，有限责任公司增加或减少注册资本的决议，需经代表三分之二以上表决权的股东通过；股份有限公司则需经出席会议的股东所持表决权的三分之二以上通过。若决议已满足法定比例，即使部分股东不同意或拒绝人脸认证（如用于工商变更登记的实名认证），公司仍可依法向登记机关申请变更登记。此时，拒绝人脸认证的股东可通过法律途径主张权利（如主张决议程序违法），但无法直接阻止变更登记。

2. 若决议未达到法定比例，需重新协商或调整方案
   若变更注册资本的决议未达到三分之二以上表决权支持，则决议不生效。此时，公司需与反对股东协商，尝试达成一致（如调整增资/减资比例、引入新股东等）。若协商无果，且公司确需变更注册资本，可考虑通过股权转让、定向增发等方式间接实现目标，但需确保程序合法（如其他股东优先购买权、关联交易回避等）。

3. 人脸认证的替代方案与法律风险
   若工商登记机关要求股东人脸认证（如部分地区推行“全程电子化登记”），但股东拒绝配合，公司可尝试以下方式：

   • 书面确认+公证：要求股东出具书面同意文件（如签字确认的股东会决议、授权委托书），并办理公证，以证明其真实意愿；
     
   • 申请豁免：向登记机关说明情况（如股东因客观原因无法到场或配合），申请采用其他验证方式（如邮寄材料、视频确认等）；
     
   • 诉讼强制：若股东无正当理由拒绝配合且其行为损害公司利益，公司可依据《公司法》及相关司法解释，以“股东损害公司利益纠纷”为由提起诉讼，要求其履行配合义务。但此方式成本较高，需谨慎评估。

建议行动步骤：

1. 核查公司章程及股东会决议程序，确认变更注册资本的决议是否合法有效；
   
2. 与反对股东沟通，了解其反对原因（如担心股权稀释、利益受损等），尝试协商解决方案；
   
3. 若决议合法且协商无果，可向登记机关咨询替代验证方式，或依法提起诉讼；
   
4. 全程留存书面文件（如会议通知、决议、沟通记录等），以备后续争议使用。
   

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