破产企业的劳动争议案件，其管辖法院的确定主要依据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》以及《中华人民共和国企业破产法》的相关规定，一般来说，由受理破产申请的人民法院管辖。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律依据与管辖原则
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》：该法规定了劳动争议案件的一般管辖原则，即劳动争议由劳动合同履行地或者用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会管辖。然而，在破产企业的劳动争议案件中，这一原则会受到《中华人民共和国企业破产法》的特别规定影响。
《中华人民共和国企业破产法》：该法第二十一条明确规定，人民法院受理破产申请后，有关债务人的民事诉讼，只能向受理破产申请的人民法院提起。这一规定确立了破产企业劳动争议案件的集中管辖原则，即所有与破产企业相关的劳动争议案件，均应由受理破产申请的人民法院管辖。
二、管辖的特殊情况与例外
特殊情况：虽然《企业破产法》规定了集中管辖原则，但在实际操作中，如果破产企业的分支机构或关联企业也涉及劳动争议，且这些分支机构或关联企业并未进入破产程序，那么这些案件可能仍需按照一般劳动争议案件的管辖原则，由劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会或法院管辖。不过，在破产企业本身作为被告的劳动争议案件中，集中管辖原则无疑具有优先适用性。
例外情况：在极少数情况下，如果破产企业的劳动争议案件涉及复杂的法律关系或跨地区因素，且受理破产申请的人民法院认为由其他法院管辖更为适宜的，可能会根据具体情况进行指定管辖。但这种情况较为罕见，且需遵循严格的法律程序和审批流程。
三、实际操作中的建议
及时咨询专业律师：对于破产企业的劳动争议案件，由于涉及法律关系复杂且涉及多方利益，建议当事人及时咨询专业律师，以便准确了解案件管辖法院及相关法律程序。
准备充分证据材料：在提起劳动争议诉讼或申请仲裁前，当事人应准备充分的证据材料，包括劳动合同、工资单、工作证明等，以证明自己的主张和权益。
关注破产程序进展：由于破产企业的劳动争议案件与破产程序密切相关，当事人应密切关注破产程序的进展情况，以便及时调整自己的诉讼策略或仲裁申请。
作为郭家贤律师，我专注于公司事务和股权转让领域，对于破产企业的劳动争议案件也有深入的了解和实践经验。如果您有任何相关问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。