结论：工伤认定书下来后，您未去公司指定的康复中心康复，而是选择了有工伤协议的医院进行康复，这一行为通常是符合规定的，不会影响您享受工伤康复待遇。

分析说明：

1. 工伤康复的选择权：

   • 根据《工伤保险条例》及相关规定，工伤职工有权选择符合条件的医疗机构进行康复治疗。公司指定的康复中心并非唯一选择，只要所选医院与工伤保险机构签订了服务协议，即具备提供工伤康复服务的资质，工伤职工就可以在该医院接受康复治疗。

2. 工伤协议医院的重要性：

   • 有工伤协议的医院意味着该医院与工伤保险机构有合作关系，能够按照工伤保险的规定提供康复服务，并直接与工伤保险机构结算费用。这有助于简化报销流程，减轻工伤职工的经济负担。

3. 您的行为合规性：

   • 您选择了有工伤协议的医院进行康复，这符合工伤保险的规定。即使公司之前指定了康复中心，您也有权根据自己的实际情况和需求，选择更适合自己的康复机构。

4. 可能遇到的后续问题及建议：

   • 报销流程：确保您所选的医院能够按照工伤保险的规定提供康复服务，并保留好所有相关的医疗费用发票和康复记录，以便后续报销。
   • 与公司的沟通：虽然您有权选择康复机构，但建议与公司保持沟通，说明您选择该医院的原因和康复进展，以避免不必要的误解和纠纷。
   • 法律权益保护：如果公司因您未选择其指定的康复中心而拒绝支付康复费用或采取其他不利措施，您可以依据《工伤保险条例》及相关规定，向劳动保障行政部门投诉或寻求法律援助，维护自己的合法权益。

特殊场景提醒：

• 如果公司指定的康复中心具有某些特殊的治疗条件或技术，且这些条件或技术对于您的康复至关重要，而您所选的医院无法提供，那么在这种情况下，建议您与公司协商，考虑在公司指定的康复中心接受部分或全部康复治疗。但这并不意味着您必须完全遵循公司的指定，而是基于康复效果和自身需求的综合考虑。

行动建议：

• 继续在有工伤协议的医院接受康复治疗，并保留好所有相关证据。
• 与公司保持沟通，说明您的康复情况和选择医院的原因。
• 如遇任何问题或纠纷，及时向我咨询，我将为您提供专业的法律支持和建议。