确认双方存在劳动关系的确认之诉，通常不适用仲裁时效。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与主流观点
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定：
- 该法第二条明确将因确认劳动关系发生的争议纳入劳动争议范畴，适用本法。然而，第二十七条关于仲裁时效的规定，主要针对的是当事人请求保护其具体的实体权利，如支付工资、经济补偿等。确认劳动关系是对一种事实状态的认定，并非基于具体的实体权利请求，因此主流观点认为其不适用仲裁时效。
最高人民法院的司法解释及指导意见：
- 虽然相关司法解释未直接指出劳动关系确认之诉不适用仲裁时效，但从其对劳动争议范围的界定和具体条文的精神来看，确认劳动关系作为一种特殊的劳动争议类型，与一般基于实体权利请求的争议有所区别。不适用仲裁时效更为合理，这有助于保护劳动者的合法权益，确保他们不会因为时间的流逝而丧失维护自身权益的机会。
二、理论基础与实际应用
事实认定性质：
- 确认劳动关系主要是对劳动者与用人单位之间是否存在事实上的劳动关系进行判定，这是一种对客观事实状态的确认。仲裁时效制度的目的在于促使当事人及时行使权利，但确认劳动关系的事实通常具有相对稳定性，不会因时间推移而发生实质性改变。因此，无需受仲裁时效的限制。
保护劳动者权益：
- 在劳动关系中，劳动者往往处于相对弱势的地位。如果对劳动关系确认之诉适用仲裁时效，可能会导致一些因特殊原因未能及时主张权利的劳动者失去确认劳动关系的机会，进而影响其享受劳动法律法规赋予的各项权益。不适用仲裁时效，可以更有效地保护劳动者的合法权益。
三、司法实践中的处理
- 在实际司法实践中，对于确认劳动关系的仲裁时效问题确实存在一定争议。但多数地区倾向于认为，确认劳动关系本身不受一年仲裁时效的限制。然而，如果劳动者是基于劳动关系去主张其他具体权利（如工资、加班费等），则必须严格遵守一年的仲裁时效规定。
四、具体建议
- 对于劳动者而言：如果仅需要确认与用人单位之间的劳动关系，无需担心一年仲裁时效的限制。但如果涉及具体权益的争议（如工资拖欠、加班费未支付等），则必须在一年内提出仲裁申请，以确保自身权益得到有效保护。
- 对于用人单位而言：应积极配合劳动者确认劳动关系，避免不必要的法律纠纷。同时，如果劳动者提出基于劳动关系的具体权益主张，用人单位应认真审查时效问题，以维护自身合法权益。
综上所述，确认双方存在劳动关系的确认之诉通常不适用仲裁时效。这一结论不仅符合相关法律规定和司法解释的精神，也体现了对劳动者权益的有效保护和社会的公平正义。如果您在劳动关系确认方面遇到任何问题，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律帮助。