合同上一方使用公章、另一方使用合同章，这样的合同通常是有效的。以下从多个角度对此问题进行详细分析：
一、法律效力层面
根据《中华人民共和国民法典》第四百九十条的规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。此处的“盖章”并未限定为合同专用章，因此，无论是公章还是合同章，只要能够代表公司的真实意思表示，并加盖在合同上，均具有法律效力。公章作为公司法人意志的象征，具有最高法律效力，适用于公司重大事务的处理；而合同章则专门用于签订合同，确认合同的法律效力和明确双方权利义务关系。在法律上，两者在代表公司签订合同方面具有同等地位。
二、实践操作层面
公章与合同章的使用习惯：
- 在商业实践中，公章常被用于签订各类合同，尤其是在合同章缺失或未及时携带的情况下，使用公章签订合同是普遍且被广泛接受的做法。
- 法院在司法实践中也会认可加盖公章的合同的有效性，只要能够证明盖章行为是公司真实意思表示且合同内容合法。
避免混盖的建议：
- 尽管公章与合同章在法律上具有同等效力，但为了避免管理混乱和潜在的法律风险，建议公司尽量保持印章的一致性，选择统一使用公章或合同章。
- 如果确实需要在合同中同时使用公章和合同章（例如，一方习惯使用公章，另一方习惯使用合同章），应在合同中明确注明这种情况的处理方式及效力，以减少法律风险。
三、特殊情况与风险防范
伪造印章或违法合同：
- 如果合同中的盖章是伪造的公章或合同章，或者合同本身是违反法律、行政法规的强制性规定的，那么这份合同就是无效的。伪造印章构成欺诈行为，而违法合同则因违反法律法规而无效。
- 因此，在签订合同时，务必确保印章的真实性和合法性，严防印章被伪造或盗用。
合同条款审查：
- 在签订合同前，务必认真阅读并理解合同条款，确保其内容合法、有效且符合双方的约定。
- 对于涉及重大利益或法律风险的合同，建议进行详细的法律审查，以降低潜在的法律风险。
四、实际操作中的注意事项
- 确保印章的真实性和合法性：在签订合同时，要严防公章或合同章被伪造或盗用，以免给公司带来不必要的法律纠纷和经济损失。
- 仔细审查合同条款：在签订合同前，务必认真阅读并理解合同条款，特别是关于印章使用的约定，确保符合双方的真实意愿和法律规定。
- 保留相关证据：在签订合同过程中，建议保留与印章使用相关的证据，如印章使用审批记录、印章保管记录等，以备不时之需。
综上所述，合同上一方使用公章、另一方使用合同章，这样的合同在法律上通常是有效的。但为了避免潜在的法律风险和管理混乱，建议公司在签订合同时尽量保持印章的一致性，并仔细审查合同条款和确保印章的真实性和合法性。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。