结论：一份材料上加盖两个合同章是否有效，需结合具体情况判断，主要取决于盖章行为是否符合法律规定、合同约定及双方真实意思表示。以下分情况说明：

1. 若两次盖章均为双方真实意思表示，且不违反法律强制性规定
   例如：双方在合同履行过程中，因补充条款、变更内容或确认事项，需在原合同上加盖公章或合同专用章，且双方均认可盖章效力。此时，两次盖章可视为对合同内容的确认或补充，合同整体有效。
   法律依据：根据《民法典》第490条，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。盖章行为本质是确认合同内容，多次盖章不必然导致合同无效。

2. 若两次盖章存在矛盾或一方否认效力
   例如：一方在合同上加盖两个章，但两个章的印文、位置或时间存在冲突（如一个章覆盖另一个章、盖章时间间隔过长且无合理解释），可能引发对合同真实性的争议。此时需结合其他证据（如签字、履行行为、沟通记录等）综合判断双方真实意思。
   风险提示：若无法证明两次盖章均系双方合意，可能被认定为“盖章行为瑕疵”，影响合同效力认定，甚至引发表见代理、无权代理等纠纷。

3. 若加盖的章为“假章”或“无效章”
   例如：一方私刻公章、使用已注销的公章或超出公章授权范围盖章，即使加盖两次，合同也可能因“盖章行为无效”而被认定无效或部分无效。
   关键点：需通过司法鉴定、公章备案记录等证据，证明章的真伪及使用权限，否则可能承担不利后果。

建议行动：

• 若您是合同相对方，发现对方加盖两个章，可要求对方出具书面说明，明确两次盖章的用途（如确认、补充、更正等），并固定相关证据（如邮件、聊天记录）。
  
• 若您是盖章方，需规范用章流程，避免随意加盖多个章；若因特殊原因需加盖，建议同步签署书面文件说明原因，降低法律风险。
  

如有具体合同或纠纷场景，可进一步向我描述细节，我会结合实务经验为您分析。