商业用地超过40年后，土地使用权大概率可续期，具体归属及处理方式需根据法律规定及实际情况确定。以下是对此问题的详细分析：
一、法律背景与解释
根据《中华人民共和国民法典》第三百五十九条的规定：
- 住宅建设用地：使用权期限届满的，自动续期。续期费用的缴纳或者减免，依照法律、行政法规的规定办理。
- 非住宅建设用地（如商业用地）：使用权期限届满后的续期，同样需依法办理。该土地上的房屋以及其他不动产的归属，有约定的，按照约定；没有约定或者约定不明确的，依照法律、行政法规的规定办理。
二、土地使用权与房屋所有权的区别
- 土地使用权：商业用地的40年期限指的是土地使用权的出让年限，土地所有权归国家所有。开发商或购房者通过支付土地出让金获得的是一定期限内的土地使用权。
- 房屋所有权：购房者购买商业用地上的房屋后，对房屋本身享有永久所有权（除非因法定原因灭失或被征收）。房屋所有权不受土地使用权期限的限制。
三、40年后土地使用权的处理方式
续期：
- 常见做法：在土地使用权到期前，产权人可向当地政府申请续期。若政府批准，则需按规定支付土地出让金以继续拥有土地使用权。
- 政策导向：从现实和政策角度看，40年到期后土地使用权通常可续期，以保障不动产权利人的合法权益。
- 费用问题：续期是否需要及缴纳多少费用，目前尚无统一规定，可能依据土地市场价值、地理位置等因素确定。
不续期：
- 选择不续期的产权人，政府可能会收回土地使用权，并对土地上的建筑物进行补偿，但这种情况相对较少见。
重新规划：
- 若政府因城市规划需要对土地进行重新规划和使用，会与产权人协商并给予相应补偿和安置。
四、特殊情况处理
- 政府规划调整：如地块被纳入新的规划范围，如公共设施建设、城市更新等，可能面临征收或拆迁，政府会按法律法规给予合理补偿。
- 特别约定：开发商与业主在合同中可能对40年后的相关事宜作出特别约定。若约定不违反法律法规强制性规定，双方应按约定执行。
五、建议与行动
- 关注政策变化：由于相关法律法规和政策可能随着时间和实际情况的变化而调整，建议购房者或产权人密切关注相关政策动态。
- 咨询专业律师：在面临土地使用权到期或相关纠纷时，及时咨询专业律师，了解具体法律条款和操作流程，以维护自身合法权益。作为秦菁莹律师，我专注于刑事辩护、取保候审、律师会见、诈骗犯罪、经济犯罪、房产纠纷等领域，有问题可以直接向我咨询。
综上所述，商业用地超过40年后，土地使用权的归属及处理方式需根据法律规定及实际情况确定。在大多数情况下，土地使用权可续期，但具体续期条件和费用需依法办理。