在用人单位主张劳动者擅自离职的纠纷中，举证责任原则上由用人单位承担。以下是对这一问题的详细分析：

一、举证责任分配原则

根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第六条：“发生劳动争议，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的，用人单位应当提供；用人单位不提供的，应当承担不利后果。” 在劳动者擅自离职的争议中，用人单位主张劳动者擅自离职，即是对劳动者离职原因的一种特定主张，因此，用人单位需要对此承担举证责任。

二、用人单位需提供的证据

为了证明劳动者擅自离职，用人单位通常需要提供以下证据：

1. 劳动者未按规定办理离职手续的证据：如劳动者未填写离职申请表、未进行工作交接等。
2. 劳动者未出勤的证据：如考勤记录、监控录像等，显示劳动者在未请假或未获批准的情况下未到岗工作。
3. 与劳动者沟通的记录：如邮件、短信、微信等，显示用人单位曾尝试与劳动者联系但未果，或者劳动者明确表示不再继续工作。

三、劳动者可能的反驳及举证

如果劳动者对用人单位的主张提出反驳，例如主张自己已提前通知用人单位离职或因用人单位原因被迫离职，那么劳动者也需要提供相应的证据来支持自己的主张。这些证据可能包括：

1. 离职通知或辞职信：显示劳动者已提前通知用人单位离职。
2. 与用人单位协商的记录：如邮件、短信、微信等，显示劳动者与用人单位就离职事宜进行过协商。
3. 用人单位违法行为的证据：如工资拖欠、未缴纳社保等，显示劳动者因用人单位原因被迫离职。

四、法律后果

如果用人单位无法提供充分证据证明劳动者擅自离职，而劳动者又能提供反驳证据或合理说明离职原因，那么用人单位可能会面临以下法律后果：

1. 支付经济补偿金：如果劳动者因用人单位原因离职，用人单位可能需要支付经济补偿金。
2. 承担违法解除劳动合同的赔偿责任：如果用人单位被认定为违法解除劳动合同，可能需要支付赔偿金。
3. 其他法律责任：如因用人单位未及时办理离职手续导致劳动者无法享受失业保险待遇等，用人单位也可能需要承担相应责任。

五、建议

对于用人单位而言，为了避免因举证不能而承担不利后果，建议在日常管理中加强证据收集和保存工作。例如，完善考勤制度、规范离职流程、保留与劳动者的沟通记录等。同时，在发生争议时，及时咨询专业律师，以便更好地维护自身权益。

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