面对甲方在工程结算时以各种理由克扣工程款且不按合同履行的情况，您可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
核查合同条款与结算依据
- 首先，仔细审查您与甲方签订的工程合同，特别是关于工程款支付、结算方式、违约责任等关键条款。确认甲方提出的克扣理由是否符合合同约定，以及是否存在合同中未明确约定的不合理要求。
- 同时，整理好所有与工程结算相关的文件资料，包括但不限于工程量清单、计价依据、变更签证单、验收报告等，这些将是您后续维权的重要证据。
与甲方协商沟通
- 在确认甲方行为违反合同约定后，尝试与甲方进行友好协商，明确表达您的诉求和依据，要求甲方按照合同约定履行支付义务。
- 协商过程中，保持冷静和理性，避免情绪化争执，尽量通过沟通达成双方都能接受的解决方案。
发送律师函或催告函
- 如果协商无果，您可以考虑委托律师向甲方发送律师函或催告函，正式告知甲方其违约行为及可能面临的法律后果，要求甲方在规定期限内履行支付义务。
- 律师函或催告函具有法律威慑力，有时能够促使甲方主动履行合同义务。
申请工程价款优先受偿权
- 根据《民法典》的相关规定，承包人对建设工程价款享有优先受偿权。如果甲方拖欠工程款，您可以在法定期限内（通常为工程竣工之日或合同约定的竣工之日起六个月内）向法院申请行使优先受偿权，以保障您的工程款能够得到优先支付。
提起诉讼或仲裁
- 如果上述措施均未能解决问题，您可以考虑向法院提起诉讼或根据合同约定向仲裁机构申请仲裁，要求甲方支付拖欠的工程款及可能产生的违约金、利息等。
- 在诉讼或仲裁过程中，您需要提交充分的证据来证明甲方的违约行为及您的损失情况，以便法院或仲裁机构作出公正裁决。
申请强制执行
- 如果法院或仲裁机构最终判决或裁决甲方支付工程款，但甲方仍拒不履行，您可以向法院申请强制执行，通过法律手段强制甲方履行支付义务。
在采取上述措施时，您需要注意以下几点：
- 保留证据：确保所有与工程结算相关的文件资料都得到妥善保存，以便在需要时提供证明。
- 及时行动：一旦发现甲方有违约行为，应尽快采取措施进行维权，避免超过法定期限而丧失权利。
- 寻求专业帮助：在处理此类纠纷时，建议您咨询专业律师的意见，以便更好地维护自己的合法权益。
最后，我想强调的是，法律是维护公平正义的武器。面对甲方的违约行为，您有权通过法律途径来维护自己的合法权益。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。