结论：信用卡逾期后协商同意还款，但后续又无法按时偿还的，之前已偿还的部分是否算作本金，需根据与银行签订的还款协议具体内容来确定。若协议中明确约定了已还款项的性质，则按照协议执行；若未明确约定，则需结合实际情况和法律规定进行判断。

详细分析：

1. 协议有明确约定的情况：

   • 在与银行协商还款时，双方会签订一份详细的还款协议，明确还款金额、期限、方式以及已还款项的性质（如是否算作本金、利息或违约金等）。
   • 若协议中明确约定了已还款项算作本金，则后续即使无法按时偿还剩余款项，之前已偿还的部分仍会被视为本金，不会因后续违约而改变性质。

2. 协议未明确约定的情况：

   • 若还款协议中未明确约定已还款项的性质，则需结合实际情况和法律规定进行判断。
   • 通常情况下，银行在协商还款时，会优先考虑回收本金，因此已还款项很可能被视为本金的一部分。但具体还需看银行的内部规定和实际操作。
   • 若因后续违约导致银行采取法律措施，法院在判决时也会根据实际情况和法律规定，判断已还款项的性质和归属。

3. 法律风险提示：

   • 信用影响：无论已还款项是否算作本金，信用卡逾期都会对个人信用记录造成严重影响。因此，应尽力避免逾期，并按时履行还款协议。
   • 法律责任：若逃避还款责任，银行有权采取多种催收措施，包括但不限于电话催收、上门催收、法律诉讼等。在法律诉讼中，若法院判决持卡人需偿还剩余款项及可能产生的利息、违约金等，持卡人需承担相应的法律责任。

建议与行动：

• 仔细阅读协议：在与银行签订还款协议时，务必仔细阅读协议内容，确保明确已还款项的性质和归属。
• 保持沟通：若后续因特殊原因无法按时偿还剩余款项，应及时与银行沟通，说明情况并寻求解决方案。银行可能会根据实际情况调整还款计划或提供其他帮助。
• 寻求专业帮助：若对还款协议内容或法律责任有疑问，可向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。

示例说明：

假设持卡人与银行协商后签订了一份还款协议，约定每月偿还一定金额的本金和利息。在履行协议过程中，持卡人因突发情况无法按时偿还某期款项。此时，已偿还的部分仍会按照协议约定算作本金和利息（具体比例需看协议内容）。若持卡人未与银行沟通并擅自停止还款，则可能面临信用受损和法律责任的风险。因此，建议持卡人在遇到困难时及时与银行沟通并寻求解决方案。