结论：您协商后逾期半个月还的4000元，是否算还本金，这主要取决于您与债权人之间的具体协商内容和还款协议中的约定。
分析说明
协商内容的重要性：
- 在债务债权关系中，双方协商的内容是至关重要的。如果您与债权人在协商过程中明确约定了还款的性质（如明确为还本金），那么该还款就应按照约定来处理。
- 若协商中未明确还款性质，或者约定模糊，那么就需要根据还款时的实际情况、双方交易习惯以及相关法律法规来综合判断。
还款协议的具体约定：
- 还款协议是确定还款性质的关键依据。如果协议中明确规定了还款的顺序（如先还利息后还本金，或者同时还本付息），以及每期还款的具体金额和性质，那么就应按照协议来执行。
- 若协议中未对还款性质作出明确约定，那么在实际操作中，可能会根据双方的实际履行情况、交易习惯以及公平原则来推断还款的性质。
实际操作中的考虑因素：
- 在实际操作中，如果债权人接受了您的还款，并且没有提出异议，那么这通常被视为对还款性质的认可。
- 但是，如果债权人对还款性质有异议，或者认为还款应优先用于偿还利息等其他费用，那么就可能需要通过法律途径来解决争议。
法律建议
查看还款协议：
- 建议您首先查看与债权人签订的还款协议，明确其中关于还款性质的约定。
与债权人沟通：
- 如果协议中未明确约定，或者您对协议内容有疑问，建议您与债权人进行沟通，明确还款的性质和用途。
保留相关证据：
- 无论还款性质如何，都建议您保留好相关的还款凭证和沟通记录，以备不时之需。
寻求法律帮助：
- 如果您与债权人之间就还款性质产生了争议，并且无法通过沟通解决，那么建议您寻求专业的法律帮助，以维护自己的合法权益。
可能的法律后果
- 如果还款被认定为还本金，那么这将减少您所欠的本金金额，从而可能减少未来需要支付的利息和其他费用。
- 如果还款被认定为还利息或其他费用，那么您所欠的本金金额将不会因此减少，您仍然需要按照原定计划偿还本金。
- 如果双方就还款性质产生争议，并且无法通过协商解决，那么可能会引发法律诉讼，增加您的法律成本和风险。
最后，如果您在债务债权方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供专业、全面的法律建议。