信用卡逾期协商分期还进去的钱，是否算本金需根据协商结果和还款冲抵顺序来确定。以下是对此问题的详细分析：
一、协商结果的影响
协商成功且明确约定：
- 如果持卡人与银行成功协商，并明确约定分期还款的金额全部或部分用于偿还本金，那么还进去的钱将按照约定算作本金。
- 例如，协商结果为分期12个月，每月还款1000元，其中800元用于偿还本金，200元用于支付利息或费用，那么每月还进去的800元即算作本金。
协商未明确约定或协商失败：
- 如果协商未明确约定还款冲抵顺序，或者协商失败，银行将按照通常的还款冲抵顺序来处理还款。
- 在这种情况下，还款通常先冲抵利息、费用，再冲抵本金。因此，还进去的钱可能不会全部算作本金。
二、还款冲抵顺序的法律规定
有约定情况：
- 根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉有关担保制度的解释》的相关规定（虽该解释主要针对担保制度，但信用卡还款冲抵顺序的原理与之相似），如果发卡机构与持卡人有明确合同约定，还款冲抵顺序应按约定执行。
- 在信用卡业务中，银行通常会在领用合约中明确约定还款冲抵顺序，如先冲抵利息、费用，再冲抵本金。
无约定或法律规定情况：
- 若无明确约定，根据相关法律原则，优先抵充已到期的债务；若多项债务均到期，则优先抵充缺乏担保或担保数额最少的债务；担保数额相同，则优先抵充债务负担较重的；负担相同，按债务到期顺序抵充；到期时间相同，按比例抵充。
- 但在信用卡业务中，由于银行通常会在领用合约中明确约定还款冲抵顺序，因此这种情况较少见。
三、实际操作中的建议
明确协商内容：
- 在与银行协商分期还款时，持卡人应明确要求银行在协议中注明还款冲抵顺序，特别是要明确分期还款的金额中多少用于偿还本金，多少用于支付利息或费用。
保留相关证据：
- 持卡人应保留与银行协商的录音、聊天记录或书面协议等证据，以便在后续还款过程中出现争议时能够证明自己的权益。
按时还款：
- 无论协商结果如何，持卡人都应按照协议约定的时间和金额按时还款，避免再次出现逾期或违约情况，否则银行有权采取法律手段追讨欠款。
四、可能遇到的法律后果
影响个人征信：
- 如果持卡人未按照协议约定还款，逾期记录将被记录在个人征信报告中，影响持卡人未来的贷款申请、信用卡申请等金融活动。
面临法律诉讼：
- 如果持卡人逾期时间较长且欠款金额较大，银行有权向法院起诉持卡人要求还款。在诉讼过程中，如果持卡人无法证明自己已经按照协议约定还款或存在其他合理抗辩理由，可能面临败诉风险并承担相应的法律责任。
总结来说，信用卡逾期协商分期还进去的钱是否算本金取决于协商结果和还款冲抵顺序。持卡人在与银行协商时应明确约定还款冲抵顺序并保留相关证据，同时按时还款以避免不必要的法律后果。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。