行政机关在立案后，一般应当在90日内作出行政处罚决定。不过，具体期限可能因特殊法律规定或案情复杂性而有所调整，以下从不同角度为你详细分析：
一、一般期限及依据
根据《中华人民共和国行政处罚法》第六十条：“行政机关应当自行政处罚案件立案之日起九十日内作出行政处罚决定。法律、法规、规章另有规定的，从其规定。”这一规定旨在确保行政效率，及时对违法行为进行处理，并保障当事人的合法权益，防止案件久拖不决。例如，在常见的交通违章处罚案件中，交警部门在立案后，通常会在较短时间内（一般远少于90日）完成调查、告知当事人权利等程序后作出处罚决定。
二、特殊情况下的延期
案情复杂需延期：若案情复杂，不能在规定期限内作出行政处罚决定的，经行政机关负责人批准，可以延长办案期限。延长期限一般不得超过30日。这种情况通常适用于涉及多个当事人、多种违法行为交织，或者需要大量调查取证、专业鉴定等复杂情况的案件。比如一些涉及多个违法主体、违法行为跨越较长时间段或者需要专业机构进行鉴定评估的案件，如环境污染案件中需要对污染程度、损害后果等进行专业鉴定，就可能因为情况复杂而申请延期。
报请上级批准：在某些情况下，如果案情特别复杂且需要更长时间进行调查和处理，行政机关可以报请上级行政机关或者有关部门批准后进一步延长办案期限，但最长延长期限仍不得超过30日。
三、法律、法规、规章的特别规定
若特定领域的法律法规（如食品药品安全、环境保护、治安管理等领域）对行政处罚决定的作出期限有特别规定，则应遵循这些特别法的规定。这意味着在这些特殊领域，处罚决定的作出期限可能会因问题的紧迫性和重要性而设定得更短或更长。例如，《治安管理处罚法》第九十九条规定：“公安机关办理治安案件的期限，自受理之日起不得超过三十日；案情重大、复杂的，经上一级公安机关批准，可以延长三十日。”这里虽然表述为“受理之日”，但在实际执法中受理和立案环节紧密相关，且该规定明确了治安案件不同于一般行政处罚案件的办理期限。
四、实际影响因素
证据收集难度：证据的收集是行政处罚过程中的关键环节。如果证据分散、难以获取，或者需要进行大量的调查走访、数据调取等工作，会耗费较多时间。例如在查处网络传销案件时，由于传销组织往往具有隐蔽性，其活动主要通过网络进行，证据可能分布在不同地区甚至境外，这就增加了证据收集的难度和时间成本。
当事人配合程度：当事人的配合程度也会影响案件办理的进度。如果当事人积极配合调查，如实提供相关信息和材料，有助于行政机关尽快查明事实；反之，如果当事人拒绝配合、逃避调查，可能会导致案件办理时间延长。比如在税务稽查案件中，如果被检查企业故意隐瞒财务资料、不配合税务机关的检查工作，税务机关就需要花费更多时间和精力去核实情况。
行政机关内部流程：不同行政机关的内部工作流程和工作效率也可能存在差异。一些行政机关可能存在审批环节繁琐、人员配备不足等问题，导致案件办理速度较慢。此外，如果遇到法定节假日、不可抗力等因素，也会相应顺延案件办理期限。
五、建议与指导
如果你面临的具体情况比较复杂，或者担心时间可能会有延误，你可以直接与负责处理的行政机关进行沟通，了解案件的具体进展和预计的处理时间，以便更好地维护自己的合法权益。同时，如果你在行政处罚方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供针对性的法律意见和指导。