结论：业务员收公司货款超过五年公司才知道情况，是否还能立案，需结合具体情况判断，主要涉及诉讼时效和刑事立案两个层面。以下从这两个角度进行详细分析：
一、诉讼时效层面
民事诉讼时效：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
- 在本案例中，若公司自知道业务员收款行为之日起三年内未提起诉讼或仲裁，则可能面临超过诉讼时效的风险。但需注意，若存在诉讼时效中断、中止等情形，诉讼时效期间可重新计算或延长。
- 特殊情况：若业务员收款行为构成表见代理，即业务员虽无代理权，但公司有理由相信其有代理权，且相对人（如客户）善意无过失地相信业务员有代理权，则公司可能仍需承担民事责任，但此情况不影响诉讼时效的计算。
诉讼时效的例外：
- 若公司能证明在业务员收款后，一直不知情且无过错，且该不知情状态持续至诉讼时效期间届满后，可能构成诉讼时效的例外。但此情形需严格证明，且实践中较难认定。
二、刑事立案层面
职务侵占罪：
- 若业务员利用职务上的便利，将公司货款非法占为己有，数额较大，则可能构成职务侵占罪。根据《中华人民共和国刑法》第二百七十一条，职务侵占罪的追诉时效为五年，自犯罪之日起计算。
- 在本案例中，若业务员收款行为发生在五年内，且公司能提供充分证据证明业务员存在职务侵占行为，则公司可以向公安机关报案，请求刑事立案。
- 注意：若业务员收款行为已超过五年，且公司在此期间未发现或未报案，则可能因超过追诉时效而无法刑事立案。但若在追诉期限内，因犯罪行为持续状态（如业务员持续占有货款）或公安机关已立案侦查等情形，追诉时效可中断或延长。
挪用资金罪：
- 若业务员利用职务上的便利，挪用公司资金归个人使用或借贷给他人，数额较大、超过三个月未还，或虽未超过三个月但数额较大、进行营利活动或非法活动，则可能构成挪用资金罪。该罪的追诉时效同样为五年。
- 与职务侵占罪类似，若业务员挪用资金行为发生在五年内，且公司能提供充分证据，则可向公安机关报案。若超过五年，则可能因超过追诉时效而无法立案。
三、综合建议
- 收集证据：公司应尽快收集业务员收款的相关证据，包括合同、收据、银行转账记录、业务员与客户的沟通记录等，以证明业务员存在收款行为及公司对此不知情。
- 咨询专业律师：公司应咨询专业律师，对证据进行评估，并确定是否构成民事侵权或刑事犯罪。律师将根据公司具体情况，提供法律意见和诉讼策略。
- 及时报案或起诉：若证据充分且构成犯罪，公司应及时向公安机关报案；若构成民事侵权，则应在诉讼时效期间内提起诉讼或仲裁。
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