结论：公务员被告知在公司有股份，纪委的处理方式会根据具体情况有所不同，但通常会涉及调查核实、纪律处分以及可能的法律责任追究。以下是对此问题的详细分析：

一、调查核实

1. 初步调查：纪委在接到关于公务员在公司有股份的举报或线索后，会首先进行初步调查，以核实该线索的真实性。这可能包括查阅相关文件、询问相关人员等。
2. 深入调查：如果初步调查发现线索属实，纪委会进一步深入调查，了解公务员在公司持股的具体情况，包括持股比例、是否参与公司经营管理、是否利用职务之便为公司谋取利益等。

二、纪律处分

1. 违反廉洁纪律：根据《中国共产党纪律处分条例》等相关规定，公务员不得违反规定从事或者参与营利性活动，或者在企业或者其他营利性组织中兼任职务。如果公务员在公司有股份，且未按规定报备或未经批准，可能构成违反廉洁纪律的行为。

   • 处分类型：根据违纪情节的轻重，公务员可能受到警告、严重警告、撤销党内职务、留党察看或开除党籍等纪律处分。

2. 违反国家法律法规：如果公务员在公司持股的行为还涉及其他违法行为，如利用职务之便为个人谋取私利、挪用公款等，则可能同时构成违法犯罪行为。

   • 法律责任：在这种情况下，公务员不仅可能受到纪律处分，还可能面临刑事责任的追究，如贪污罪、受贿罪等。

三、具体处理流程

1. 立案审查：纪委在调查核实后，如果认为公务员的行为构成违纪或违法，会决定立案审查。
2. 审查调查：立案后，纪委会进一步开展审查调查工作，收集证据，查明事实。
3. 作出处理决定：根据审查调查结果，纪委会作出相应的处理决定，包括纪律处分或移送司法机关处理。
4. 执行处理决定：处理决定作出后，纪委会监督执行，确保处理决定得到落实。

四、特殊情况考虑

1. 持股合法性：如果公务员的持股行为是合法的，如通过继承、赠与等方式获得股份，且未违反相关规定，则可能不构成违纪或违法行为。但即便如此，公务员也需按规定报备相关情况。
2. 持股比例与影响：持股比例的大小以及是否对公司经营管理产生实际影响，也是纪委在处理时需要考虑的因素。如果持股比例较小且未对公司产生实际影响，可能处理相对较轻；反之，则可能处理较重。

建议：作为公务员，应严格遵守相关规定，不得违规从事或参与营利性活动。如果确实存在在公司持股的情况，应及时向相关部门报备并说明情况，以避免不必要的麻烦。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。