纪委对员工存在不正关系（通常指不正当男女关系或违反职业道德、纪律的关系）的处理，主要依据的是党纪、政纪以及单位内部的规章制度，而非直接依据劳动法律。不过，我可以从相关法律和纪律的角度，为你全面分析这一问题：

1. 党纪政纪处理：

   • 如果员工是党员或公职人员，纪委将依据《中国共产党纪律处分条例》或《中华人民共和国公职人员政务处分法》等相关规定进行调查处理。
   • 不正当关系可能被视为违反生活纪律或职业道德的行为，根据情节轻重，可能给予警告、严重警告、撤销党内职务、留党察看或开除党籍等党纪处分，或者警告、记过、记大过、降级、撤职、开除等政纪处分。

2. 单位内部处理：

   • 除了党纪政纪处理外，单位还可以依据内部规章制度对涉事员工进行处理。这些规章制度可能包括员工手册、职业道德规范、行为准则等。
   • 处理方式可能包括警告、罚款、降职、解雇等，具体取决于单位的规定和涉事行为的严重程度。

3. 劳动法律角度的考量：

   • 虽然不正当关系本身不直接违反劳动法律，但如果这种行为导致了工作环境的恶化、影响了工作效率或造成了其他损害，单位可能依据《中华人民共和国劳动法》或《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，以严重违反单位规章制度为由解除劳动合同。
   • 需要注意的是，单位在解除劳动合同时必须遵循法定程序，如提前通知、听取员工意见等，否则可能构成违法解除，需要承担相应的法律责任。

4. 对涉事员工的建议：

   • 如果员工发现自己被纪委调查或面临单位处理，应积极配合调查，如实陈述事实，避免隐瞒或谎报。
   • 同时，员工也有权了解调查或处理的依据和程序，以及自己的权利和义务。
   • 如果认为处理不公或存在违法行为，员工可以通过合法途径维护自己的权益，如申请复议、提起诉讼等。

总结来说，纪委对员工存在不正关系的处理主要依据党纪政纪和单位内部规章制度，可能涉及党纪政纪处分和单位内部处理。在处理过程中，单位应遵循法定程序和内部规定，确保处理的公正性和合法性。如果员工对处理结果有异议，可以通过合法途径维护自己的权益。如果你或你身边的人遇到类似问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况为你提供更详细的法律建议。