违反巡检制度的处理方式需结合具体情节、制度规定及法律后果综合判断，通常包括内部纪律处分、民事赔偿、行政处罚甚至刑事责任，具体如下：

1. 内部纪律处分
   若巡检制度属于企业内部规定（如安全生产巡检、设备维护巡检等），违反者可能面临警告、罚款、降职、解雇等处分。例如：

   • 某工厂员工未按制度每日巡检设备，导致设备故障未及时发现，企业可依据内部《员工手册》对其警告或扣发奖金；
     
   • 若制度明确“三次违规解雇”，且员工已签收确认，企业解除劳动合同可能被认定为合法。
     

2. 民事赔偿责任
   若违反巡检制度直接导致他人财产或人身损害，需承担民事赔偿。例如：

   • 物业保安未按制度巡逻，小区发生盗窃，业主可要求物业赔偿损失（需证明巡检缺失与失窃的因果关系）；
     
   • 建筑工地安全员未巡检脚手架，导致工人坠落受伤，施工单位需赔偿医疗费、误工费等。
     

3. 行政处罚
   若巡检制度涉及公共安全或行业监管（如消防巡检、环保巡检），违反者可能被行政机关处罚。例如：

   • 商场未按《消防法》要求每日巡检消防设施，消防部门可责令整改并罚款；
     
   • 化工企业未定期巡检排污设备，环保局可处以高额罚款甚至停产整顿。
     

4. 刑事责任
   若违反巡检制度导致重大事故，可能构成犯罪。例如：

   • 煤矿安全员未巡检瓦斯浓度，引发爆炸致多人死亡，可能构成《刑法》第134条“重大责任事故罪”，处三年以下有期徒刑或拘役；
     
   • 电梯维保人员未按制度巡检，导致电梯坠落致人重伤，可能构成“玩忽职守罪”（若主体为国企人员）或“过失以危险方法危害公共安全罪”。
     

建议：若您或您所在单位涉及违反巡检制度的情况，需立即采取补救措施（如整改、赔偿），并评估制度合法性及证据留存情况。具体处理需结合制度文本、损失后果及主体身份综合判断，您可直接向我咨询细节，我会为您详细分析。