农民工工资以收到劳务费发票形式支付，其核心法律依据在于我国税收及劳务报酬相关法律规定，这种支付形式本身并不违法，但需确保符合劳务报酬支付及个税代扣代缴等规定。以下从不同角度详细阐述：

1. 劳务费发票的合法性基础
   根据《中华人民共和国发票管理办法》第十九条，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票。农民工为用工单位提供劳务，属于“提供服务”范畴，因此用工单位要求农民工提供劳务费发票作为支付凭证，符合发票管理规定。若农民工通过税务机关代开发票或自行开具（如个体工商户），均属合法操作。

2. 劳务报酬与工资薪金的区分
   根据《中华人民共和国个人所得税法》及实施条例，工资薪金所得与劳务报酬所得的核心区别在于“是否存在雇佣关系”：

   • 工资薪金：适用于存在长期、稳定雇佣关系的劳动者（如签订劳动合同的农民工），用工单位需按“工资薪金”代扣代缴个人所得税，并计入企业工资薪金总额，享受相关税费优惠政策（如残保金减免）。
     
   • 劳务报酬：适用于临时、独立提供劳务的个体（如未签订劳动合同的短期务工人员），用工单位需按“劳务报酬”代扣代缴个税，且劳务费不计入企业工资总额。
     若农民工与用工单位存在事实雇佣关系（如长期、固定工作），却以劳务费发票形式支付工资，可能涉及逃避社保缴纳、个税代扣等义务，存在法律风险。

3. 实务中的合规操作建议

   • 明确用工关系：用工单位应与农民工签订书面劳动合同或劳务协议，明确双方权利义务。若为劳动关系，需按工资薪金处理；若为劳务关系，则按劳务报酬处理。
     
   • 依法代扣代缴个税：无论以工资还是劳务费形式支付，用工单位均需履行个税代扣代缴义务。劳务报酬需按“预扣率表”计算预扣税款，次年3-6月需办理汇算清缴。
     
   • 避免“以票代薪”：部分用工单位为规避社保缴纳，要求农民工提供发票后以“费用报销”形式支付工资，此行为涉嫌违反《社会保险法》及《劳动法》，可能面临补缴社保、支付经济补偿金等法律责任。

4. 特殊情形：建筑行业农民工工资支付
   根据《保障农民工工资支付条例》，建筑行业需实行“农民工实名制管理”及“工资专用账户制度”，工资应通过专用账户直接发放至农民工本人银行账户，并编制工资支付台账。此时，劳务费发票仅可作为成本凭证，但工资支付需通过专用账户，二者不可混淆。若用工单位以劳务费发票替代工资支付，可能违反该条例，面临行政处罚。

总结：农民工工资以劳务费发票形式支付是否合法，需结合用工关系、支付方式及行业规定综合判断。若您遇到具体问题（如用工单位要求提供发票但未签合同、工资被拆分为“工资+劳务费”等），可直接向我咨询，我将结合细节为您分析法律风险及应对方案。