工程延期申请单并非在完工时提交，而是在预计工程无法按照原定计划完成时，提前向相关方提出延期申请。以下是对此问题的详细分析：

一、工程延期申请单的提交时机

工程延期申请单的提交时机至关重要，它关乎到工程进度的管理、合同条款的履行以及各方责任的界定。一般来说，当承包商或施工单位预计工程无法按照原定计划完成时，应尽早向建设单位或监理单位提出延期申请。这种申请通常是在工程进行过程中，因各种原因（如设计变更、材料供应延迟、不可抗力等）导致工程进度受阻时提出的。

二、完工时提交延期申请单的不合理性

1. 时效性问题：如果等到完工时才提交延期申请单，那么这份申请已经失去了其应有的时效性。因为此时工程已经完成，延期的事实已经发生，再提出延期申请已经无法对工程进度进行有效管理。
2. 责任界定问题：完工时提交延期申请单可能使得责任界定变得困难。因为此时已经无法准确判断延期是由于何种原因造成的，以及各方应承担的责任比例。
3. 合同条款问题：许多工程合同中都会明确规定延期申请的提交时间和程序。如果承包商或施工单位未按照合同规定的时间提交延期申请，可能会面临违约责任。

三、工程延期申请单的正确提交方式

1. 提前预测与评估：承包商或施工单位应密切关注工程进度，提前预测可能出现的延期情况，并进行评估。
2. 及时提交申请：一旦确定需要延期，应立即按照合同规定的时间和程序向建设单位或监理单位提交延期申请单。
3. 提供充分证据：在提交延期申请单时，应提供充分的证据来支持延期申请，如设计变更通知、材料供应延迟证明、不可抗力事件报告等。

四、法律后果与风险提示

如果承包商或施工单位未按照合同规定的时间和程序提交延期申请单，可能会面临以下法律后果：

1. 违约责任：根据合同条款，承包商或施工单位可能需要承担违约责任，包括支付违约金、赔偿损失等。
2. 信誉损失：未按时提交延期申请单可能会影响承包商或施工单位的信誉和声誉，进而影响其未来的业务发展。

因此，建议承包商或施工单位在预计工程无法按照原定计划完成时，尽早向相关方提出延期申请，并按照合同规定的时间和程序提交延期申请单。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。