结论前置：施工许可证在合同工期未完工时，通常需要申报延期，但具体是否需要延期以及延期的流程和要求，需根据当地建设行政主管部门的规定和实际情况来确定。以下从多个角度进行详细分析：
一、法律法规要求
根据《中华人民共和国建筑法》及相关规定，建设单位在领取施工许可证后，应当按照施工许可证批准的内容和要求组织施工。如果因故不能按期开工或者中止施工，应当按照规定向发证机关报告，并按照规定办理延期手续。虽然直接的法律条款可能并未明确提及“合同工期未完工”必须申报延期，但从施工许可证的有效性和合法施工的角度出发，如果工程未能在施工许可证规定的有效期内完工，且未办理延期手续，则可能构成违法施工。
二、延期申报的必要性
合法性考虑：施工许可证是建设单位进行工程施工的合法凭证。如果工程未能在有效期内完工，且未办理延期，那么继续施工将缺乏合法依据，可能面临行政处罚等法律风险。
工程安全与质量：延期申报也是对工程安全与质量的一种保障。通过延期申报，建设行政主管部门可以重新审查工程的进展情况，确保工程在延期期间仍然符合安全和质量标准。
合同履行：从合同履行的角度来看，如果因故需要延期完工，建设单位应当与施工单位协商一致，并按照合同约定或者相关规定办理延期手续。这有助于维护合同的严肃性和双方的合法权益。
三、延期申报的流程与要求
提交申请：建设单位需要向原发证机关提交延期申请，并说明延期的原因、期限以及已采取的措施等。
审核与批准：发证机关将对延期申请进行审核，并根据实际情况决定是否批准延期。如果批准延期，将重新核发施工许可证或者出具延期证明。
遵守规定：在延期期间，建设单位需要遵守相关法律法规和规定，确保工程的合法性和安全性。
四、特殊情况处理
不可抗力因素：如果因不可抗力因素（如自然灾害、政策调整等）导致工程无法按期完工，建设单位可以及时向发证机关报告，并按照规定办理相关手续。在这种情况下，发证机关可能会根据实际情况给予适当的延期。
双方协商：如果因双方协商一致需要延期完工，建设单位应当与施工单位签订书面协议，并明确延期的期限、责任等事项。同时，也需要按照相关规定向发证机关办理延期手续。
建议：在实际操作中，如果施工许可证在合同工期未完工，建议建设单位及时与当地建设行政主管部门沟通，了解具体的延期申报要求和流程，并按照规定办理相关手续。如果遇到复杂情况或不确定如何处理，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。