核心结论：停薪留职期间编制被取消，需根据具体原因和单位性质，通过协商、申诉、仲裁或诉讼等途径维护权益。以下分情况说明：

1. 若因单位单方面违法解除编制

   • 法律依据：根据《劳动合同法》第三十五条，用人单位与劳动者协商一致可变更劳动合同内容，但单方面取消编制可能构成违法解除劳动关系。
     
   • 处理方式：
     
     • 协商：与单位沟通，要求恢复编制或给予合理补偿（如经济补偿金、赔偿金）。
       
     • 申诉：向单位上级主管部门或劳动监察部门投诉，要求介入调查。
       
     • 仲裁/诉讼：若协商、申诉无果，可申请劳动仲裁，主张单位违法解除劳动关系，要求支付赔偿金（2倍经济补偿标准）或继续履行合同。
       

2. 若因政策性调整（如事业单位改革）导致编制取消

   • 法律依据：政策性调整需符合《事业单位人事管理条例》等规定，单位应提前告知并协商变更合同或终止劳动关系。
     
   • 处理方式：
     
     • 协商补偿：要求单位按照政策规定支付经济补偿（如工作年限×月工资）。
       
     • 政策申诉：若认为调整程序违法（如未公示、未听取意见），可向主管部门或人社部门申诉。
       
     • 仲裁/诉讼：若单位未依法补偿，可申请仲裁或起诉，主张单位履行补偿义务。
       

3. 若因个人原因（如长期旷工）导致编制取消

   • 法律依据：根据《事业单位工作人员处分暂行规定》，严重违反单位规章制度（如旷工超15日）可解除聘用合同。
     
   • 处理方式：
     
     • 自查证据：确认单位是否依法送达处分决定、是否履行告知程序。
       
     • 申诉复核：若认为处分过重或程序违法，可向单位或上级主管部门申请复核。
       
     • 协商补救：若存在误解或特殊情况（如因病未及时报备），可与单位协商补救措施。
       

行动建议：

1. 立即收集证据（如劳动合同、停薪留职协议、编制文件、单位通知等）；
   
2. 根据取消原因选择上述对应途径，优先协商或申诉；
   
3. 若涉及复杂法律问题（如政策解读、程序合法性），可直接向我咨询，我将结合具体案情提供详细方案。