公司用年假抵扣病假在一般情况下是不合法的，但具体是否合法需结合公司规章制度、劳动合同约定及当地法律法规综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、法律规定与原则
年休假的性质：
- 根据《职工带薪年休假条例》，年休假是劳动者依法享有的带薪休假权利，旨在保障劳动者的休息权益，提高生活质量和工作效率。
病假的性质：
- 病假是劳动者因患病或非因工负伤需要停止工作医疗时，用人单位应给予的医疗期，期间工资照发或按一定比例发放。
法律原则：
- 年休假和病假是两种不同性质的假期，分别对应不同的法律情形和待遇。用人单位不得擅自将年休假抵扣病假，否则可能侵犯劳动者的合法权益。
二、具体情况分析
公司规章制度与劳动合同：
- 如果公司的规章制度或劳动合同中明确规定了可以用年休假抵扣病假，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么在一定程度上可以视为双方当事人的约定。然而，这种约定必须合理、合法，并经过劳动者同意。例如，若公司规章制度中明确规定了病假抵扣年假的具体条件和程序，且该制度已经过民主程序制定并公示告知劳动者，那么在特定情况下可能存在合法性。
法律风险：
- 若用人单位未经劳动者同意，单方面决定用年休假抵扣病假，可能构成对劳动者权益的侵害。劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位纠正违法行为并赔偿损失。
特殊情况：
- 在某些特殊行业或岗位上，如医疗、教育等，由于工作性质的特殊性，可能存在用年休假抵扣病假的情况。但这通常需要符合相关法律法规的规定，并经过劳动者同意。例如，在医疗行业，由于医护人员需要轮流值班，且病假可能影响正常工作安排，因此公司可能会与医护人员协商用年休假抵扣病假。但这种情况必须建立在双方协商一致的基础上，且不得违反法律法规的强制性规定。
三、劳动者应对措施
了解法定权益：
- 劳动者应了解自己的法定权益，包括年休假和病假的具体规定。根据《职工带薪年休假条例》和《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，劳动者有权享受年休假和病假，且两者不得相互抵扣。
审查公司规章制度和劳动合同：
- 在遇到用人单位要求用年休假抵扣病假的情况时，劳动者应仔细审查公司规章制度和劳动合同的相关条款。如果发现公司规章制度或劳动合同中存在违法规定，劳动者有权拒绝执行，并向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
沟通协商与法律途径：
- 如认为自己的权益受到侵害，劳动者应及时与用人单位沟通协商，要求用人单位纠正错误做法。如果协商不成，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。
四、法律依据
- 《职工带薪年休假条例》第二条：机关、团体、企业、事业单位、民办非企业单位、有雇工的个体工商户等单位的职工连续工作1年以上的，享受带薪年休假。单位应当保证职工享受年休假。职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。
- 《职工带薪年休假条例》第四条：职工有下列情形之一的，不享受当年的年休假：…（此处不列举与病假抵扣无关的情形）…（三）累计工作满1年不满10年的职工，请病假累计2个月以上的；（四）累计工作满10年不满20年的职工，请病假累计3个月以上的；（五）累计工作满20年以上的职工，请病假累计4个月以上的。（该条款说明的是不享受年休假的情形，而非病假抵扣年休假的合法性，但可侧面反映病假与年休假在性质上的不同，不得随意抵扣）
- 《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》：企业职工因患病或非因工负伤，需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予三个月到二十四个月的医疗期。（该规定明确了病假的期限和待遇，与年休假无关，进一步说明两者不得相互抵扣）
总结来说，公司用年假抵扣病假在一般情况下是不合法的。劳动者应了解自己的法定权益，并在遇到此类问题时积极采取措施维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。