可以起诉。针对“一方出地、一方出钱合作建房，后因违章建筑产生矛盾能否起诉”的问题，需结合合作模式、矛盾类型及法律后果综合分析，具体如下：

1. 若矛盾核心为“违章建筑认定及拆除责任”
   根据《城乡规划法》第64条，未取得建设工程规划许可证的建筑，可能面临限期拆除、罚款等行政处罚。若双方因“谁应承担行政责任（如补办手续、缴纳罚款）”或“拆除后损失如何分担”产生争议，可直接起诉至法院，要求确认责任主体或赔偿损失。例如：出地方主张出钱方未按约定办理手续导致被罚，可要求其承担违约责任；出钱方主张出地方隐瞒土地性质导致无法合法建设，可要求返还投资款。

2. 若矛盾核心为“合作协议履行纠纷”
   即使建筑被认定为违章，双方基于合作建房签订的协议（如出资比例、产权分配、收益分成等）仍可能受《民法典》合同编调整。若一方未按约定履行义务（如出地方未提供合法土地、出钱方未足额出资），另一方可起诉要求继续履行、赔偿损失或解除合同。例如：出地方承诺土地可合法建房但实际无法办理手续，出钱方可主张合同因“目的无法实现”而解除，并要求返还投资及利息。

3. 若矛盾涉及第三方（如行政机关）
   若行政机关已对违章建筑作出处罚（如强制拆除），双方对处罚结果不服的，需先通过行政复议或行政诉讼解决与行政机关的争议，再根据结果处理内部纠纷。例如：行政机关责令拆除建筑并罚款，出地方认为处罚过重，需先申请复议或起诉行政机关，确认处罚合法性后，再与出钱方协商损失分担。

关键提醒：

• 违章建筑本身不受法律保护，但合作协议中的“债权债务关系”（如出资、赔偿等）仍可能受法律保护，需区分“物权”与“债权”；
  
• 起诉前建议收集证据（如合作协议、出资凭证、土地权属证明、行政处罚决定书等），以明确责任主体及损失范围；
  
• 若建筑已被拆除，需及时固定损失证据（如拆除前照片、评估报告等），避免因证据灭失导致维权困难。
  

如有具体纠纷细节（如协议内容、行政处罚情况等），可进一步向我说明，我会结合案例为您详细分析。