在离职时，关于能否在离职证明中勾选公司原因作为离职原因，这主要取决于公司的具体做法以及相关法律法规的规定。

首先，从法律法规的角度来看，《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第二十四条明确规定了用人单位出具的解除、终止劳动合同的证明应当包含的内容，即劳动合同期限、解除或者终止劳动合同的日期、工作岗位、在本单位的工作年限。这一规定并未禁止将解除劳动合同的原因记载在离职证明上。因此，从法律层面讲，公司是有权在离职证明中写明离职原因的。

然而，在实际操作中，公司是否在离职证明中写明离职原因，以及写明何种原因，往往受到多种因素的影响。一方面，公司可能出于保护自身利益、避免潜在法律纠纷的考虑，选择不在离职证明中详细写明离职原因，或者仅写明一些较为中性、不涉及双方争议的原因。另一方面，如果离职是由于公司方面的原因导致的，如公司裁员、业务调整等，公司可能会在离职证明中明确写明这些原因。

对于您个人而言，如果您希望离职证明中不体现公司原因，或者希望离职原因以某种特定方式表述，您可以与公司进行沟通协商。在沟通过程中，您可以表达自己的诉求和理由，并尝试与公司达成共识。如果公司坚持要在离职证明中写明公司原因，并且您认为这可能会对您的再就业产生不利影响，您可以考虑咨询专业律师或劳动仲裁机构，了解自己的权益和可能的救济途径。

总的来说，离职时能否在离职证明中勾选公司原因作为离职原因，并没有一个绝对的答案。这取决于公司的具体做法、相关法律法规的规定以及您与公司的沟通协商结果。因此，在离职前，建议您与公司就离职证明的内容进行充分沟通，以确保自己的权益得到妥善保护。