结论：在仲裁结束后，若对方公司在其注册地提起诉讼，您是否可以在合同履行地要求处理，这主要取决于案件的具体性质以及相关法律规定。一般来说，若案件属于专属管辖范畴，则需遵循专属管辖的规定；若不属于，且合同履行地与案件有实际联系，同时不违反级别管辖和专属管辖，则您可以在合同履行地法院提起诉讼或应诉。以下是对此问题的详细分析：

一、专属管辖的情况

根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，某些类型的案件实行专属管辖，即只能由特定地区的法院管辖。例如，因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院管辖；因港口作业中发生纠纷提起的诉讼，由港口所在地人民法院管辖等。若您的案件属于专属管辖的范畴，则您需按照法律规定，向专属管辖的法院提起诉讼或应诉，此时合同履行地可能并非合适的管辖法院。

二、非专属管辖的情况

1. 合同履行地与案件有实际联系：

   • 在非专属管辖的情况下，若合同履行地与案件有实际联系，且不违反级别管辖和专属管辖的规定，您可以选择在合同履行地法院提起诉讼或应诉。这是因为，根据《中华人民共和国民事诉讼法》的规定，合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。

2. 未协议选择管辖法院：

   • 若双方未在合同中协议选择管辖法院，且案件不属于专属管辖范畴，则根据《中华人民共和国民事诉讼法》的一般规定，被告住所地和合同履行地法院均有管辖权。在此情况下，您可以选择在合同履行地法院提起诉讼或应诉。但需注意，若对方公司已在其注册地（即被告住所地）提起诉讼，且该法院已受理案件，则您可能需在该法院应诉，除非您能提出充分的管辖权异议理由并获得法院支持。

三、实际操作建议

1. 审查合同条款：

   • 首先，您应仔细审查合同中的管辖条款，确定双方是否已协议选择管辖法院。若已选择，则需按照协议履行；若未选择或选择无效，则需根据法律规定确定管辖法院。

2. 咨询专业律师：

   • 在确定管辖法院时，建议您咨询专业律师的意见。律师可以根据您的具体情况和案件性质，为您提供准确的法律建议和操作方案。

3. 准备管辖权异议材料：

   • 若您认为对方公司选择的管辖法院不正确，且您希望在合同履行地法院处理案件，您可以准备管辖权异议材料，并在规定时间内向法院提出异议。但需注意，提出管辖权异议需有充分的理由和证据支持。

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