针对您描述的情况，即两个人都有配偶，在旅店被查且都有进店登记记录，以下是从不同角度给出的法律分析和建议：

1. 法律后果分析：

   • 行政处罚：根据《中华人民共和国治安管理处罚法》的相关规定，如果双方的行为被认定为卖淫嫖娼（尽管实际情况可能并非如此，但需根据具体证据判断），则可能面临行政处罚，如拘留和罚款。然而，在您描述的情况下，若双方仅为有配偶者私下见面，并未涉及金钱交易或其他违法行为，则通常不会直接认定为卖淫嫖娼。但需注意，任何违反社会公序良俗的行为都可能受到道德层面的谴责，并可能影响个人声誉。
   • 婚姻关系影响：更为关键的是，双方的行为可能对各自的婚姻关系造成严重影响。根据《中华人民共和国民法典》的规定，婚内出轨或与他人同居是导致夫妻感情破裂的重要情形之一。如果一方因此提起离婚诉讼，且调解无效，法院应当准予离婚。此外，无过错方还有权要求过错方支付损害赔偿，包括精神损害赔偿和物质损害赔偿。

2. 应对策略建议：

   • 保持冷静，配合调查：在面对警方调查时，双方应保持冷静，如实陈述事实，避免提供虚假信息或抗拒调查。配合警方的调查工作有助于澄清事实，减少不必要的误解和麻烦。
   • 收集证据，维护权益：如果双方认为自己的行为并未违反法律，且担心因此受到不公正对待，可以收集相关证据（如聊天记录、证人证言等）以证明自己的清白。同时，如果因对方的行为导致婚姻关系破裂，无过错方应积极收集证据，以便在离婚诉讼中维护自己的合法权益。
   • 寻求法律帮助：面对复杂的法律问题，双方可以寻求专业律师的帮助。律师可以根据具体情况提供法律咨询和法律援助，帮助双方了解自己的权利和义务，制定合理的应对策略。

3. 道德层面的考量：

   • 除了法律后果外，双方还应考虑自己的行为对家庭、子女以及社会的影响。婚内出轨或与他人同居不仅违反了婚姻忠诚义务，也违背了社会公序良俗。这种行为可能对家庭关系造成不可修复的损害，对子女的成长产生负面影响，并损害个人声誉和社会形象。

总结与建议：

双方应认识到自己行为的严重性和可能产生的法律后果，保持冷静并配合调查。如果因此导致婚姻关系破裂，无过错方应积极收集证据以维护自己的合法权益。同时，双方也应从道德层面反思自己的行为，考虑对家庭、子女以及社会的影响。如果您或您身边的人遇到类似问题，可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律建议和帮助。