结论：住酒店查房时，双方不是夫妻关系并不直接构成违法，关键在于双方的行为是否合法、合规，以及是否能合理解释关系并遵守相关规定。
详细分析：
一般情况下的合法性：
- 在我国，法律并未明确禁止非夫妻关系的男女共同入住酒店。只要双方都是具有完全民事行为能力的成年人，且基于自愿原则共同选择住宿，没有涉及金钱交易或其他违法活动，这种单纯的住宿行为是合法的民事行为。
- 警察在进行查房时，主要关注的是入住人员的身份信息是否真实以及是否存在违法犯罪行为。因此，只要双方能够出示有效身份证件，并能合理解释彼此的关系（如朋友、同事、旅行伙伴等），通常不会受到处罚。
可能违法的情形：
- 卖淫嫖娼：如果一方支付金钱等财物给另一方以换取性服务，这种行为违反了《中华人民共和国治安管理处罚法》，将面临拘留、罚款等行政处罚。
- 涉及非法同居及重婚问题：如果其中一方或双方有配偶，并以夫妻名义长期共同居住，可能涉嫌重婚罪。重婚是指有配偶者再与他人结婚或者明知他人有配偶而与之结婚的行为，这在《中华人民共和国刑法》中有明确的定罪量刑规定。
- 破坏军婚罪：如果与现役军人的配偶同居或发生不正当关系，则可能触犯破坏军婚罪，这也是一种犯罪行为。
- 涉及未成年人：酒店不得接待未满18周岁的未成年人单独入住，除非有父母或其他监护人的陪同。如果成年人与未成年人同住并发生性关系，无论对方是否自愿，都可能构成强奸罪，将受到法律的严厉制裁。
- 其他违法犯罪活动：在酒店房间内进行吸毒、赌博等违法犯罪活动，也将依据相关法律受到严厉制裁。
酒店查房的具体处理：
- 酒店查房主要是为了维护治安和管理秩序。若查房时发现双方非夫妻，工作人员通常会礼貌询问双方关系及入住登记信息。
- 只要双方能出示有效身份证件，且登记信息与实际情况相符（如登记为朋友、同事等），酒店一般不会进一步干涉。
- 若怀疑存在违法行为，酒店或警方可能进一步调查，包括查看聊天记录、询问入住目的及费用支付情况等。
建议：
- 为了避免不必要的麻烦和法律风险，建议双方在入住酒店时确保双方均为成年人且具有完全民事行为能力，自愿选择同住，并避免涉及任何违法活动。
- 准备好有效身份证件以便随时出示，以配合酒店和警方的查房工作。
- 对于有特殊身份关系的情况（如已婚、与军人配偶同居等），应特别谨慎处理，避免触犯相关法律规定。
总之，住酒店查房时双方不是夫妻关系并不直接构成违法，但双方应确保自己的行为合法、合规，并遵守酒店和警方的相关规定。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。