法院会根据合同约定、实际履行情况及双方过错程度，综合判断并处理承包土地合同中亩数差异问题。具体处理方式如下：

1. 合同有明确约定亩数差异处理条款时
   若合同中已明确约定“实际亩数与约定不符时的处理方式”（如按实际面积调整租金、解除合同或补足差额等），法院会优先适用该条款。例如：合同约定“若实际亩数少于约定10%以上，发包方需退还多收租金”，则法院会据此判决发包方返还相应费用。

2. 合同未约定亩数差异处理条款时
   法院会结合以下因素综合判断：

   • 实际履行情况：若双方已按约定履行多年（如按约定亩数支付租金、使用土地），且未提出异议，法院可能认定双方以实际行为变更了合同，按实际亩数确认权利义务。
     
   • 过错责任：若亩数差异因发包方故意隐瞒（如虚报亩数）或承包方未尽核查义务导致，法院会根据过错比例分担损失。例如：发包方虚报亩数20%，法院可能判决其返还多收租金的20%。
     
   • 公平原则：若差异显著（如实际亩数不足约定50%），且无合理原因，法院可能调整合同内容（如降低租金）或判决解除合同，以避免利益失衡。

3. 亩数差异影响合同目的实现时
   若亩数差异导致承包方无法实现合同目的（如约定种植100亩作物，实际仅50亩），法院可能支持承包方解除合同，并要求发包方赔偿损失（如预期收益、投入成本等）。

建议：签订承包合同时，务必明确约定亩数核查方式（如共同测量、委托第三方评估）、差异处理条款及违约责任，以减少纠纷。若已发生纠纷，可收集土地权属证明、测量报告、付款凭证等证据，向法院主张权利。如有具体案件细节，可直接向我咨询，我会结合证据为您分析诉讼策略。