违建不会因为两年内未被认定为违建就自动合法，相关部门仍然有权对其进行处罚。以下是对这一问题的详细分析：
法律依据
《中华人民共和国行政处罚法》第三十六条：
- 违法行为在二年内未被发现的，原则上不再给予行政处罚；涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，上述期限延长至五年。但法律另有规定的除外。
- 对于违法建筑这一具有继续状态的违法行为，其违法性并不会因时间超过两年而消除。该条款同时规定，违法行为有连续或者继续状态的，从行为终了之日起计算处罚期限。这意味着，只要违法建筑存在，就视为违法行为一直在持续，行政机关有权在任何时候对违建进行查处和处理。
《中华人民共和国土地管理法》与《中华人民共和国城乡规划法》：
- 这两部法律均明确规定，未取得建设工程规划许可证或未按许可证规定进行建设的建筑物或构筑物，属于违章建筑。相关部门有权依据这些法律法规对违法建筑进行查处，包括但不限于责令停止建设、限期改正、限期拆除、没收实物或违法收入，并处罚款等。
违建的持续性与处理
- 违法建筑的持续性：违法建筑的状态被视为具有继续状态，即只要违法建筑存在，就视为违法行为一直在持续。因此，行政机关有权在任何时候对违建进行查处和处理，不受两年处罚期限的限制。
- 实际处理中的情况：即便违法建筑超过两年未被发现和查处，一旦被相关部门发现，仍可依据相关法律法规进行处理。这意味着，违建不会因为时间的推移而自动合法化。
法律建议与风险提示
- 严格遵守法律法规：鉴于违建不会自动合法化的法律原则，建议公众严格遵守相关法律法规，不进行违法建设行为。这是避免法律风险和维护社会秩序的基础。
- 及时咨询与整改：对于已经存在的违建情况，建议尽快咨询相关部门或专业律师（如我），了解具体的法律要求和处理程序，并按照法定程序进行整改或拆除。这有助于避免可能的法律后果，如罚款、强制拆除等。
- 关注地方政策与执行标准：在实际执法中，不同地方政府可能会根据当地实际情况和需要，制定具体的执行政策和标准。因此，在处理违建问题时，还需关注当地的相关政策与执行标准，以确保合规性。
综上所述，违建不会因为两年内未被认定为违建就自动合法。无论过去多久，未经合法程序处理的违法建筑始终是不合法的。因此，无论是为了避免法律风险还是维护社会秩序，都应坚决杜绝违法建设行为，并对已存在的违建进行及时、合法的处理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。