这种情况是否合法，不能一概而论，需要分情况讨论：
一、合法的情况
存在三方合法约定：如果甲方、乙方和丙方之间存在明确的、合法的约定，即甲方将商铺使用权转让给乙方，同时乙方同意将转让费支付给丙方，且这种约定不违反法律法规的强制性规定，不损害国家、集体或第三人的利益，那么这种安排是合法的。例如，丙方可能是甲方的债权人，甲方通过转让商铺使用权的方式，让乙方将转让费直接支付给丙方以偿还债务，且这一安排得到了所有相关方的同意，那么这种操作就是合法的。
丙方为合法受托人：如果丙方是甲方或乙方的合法受托人，且受托事项包括接收转让费，那么乙方将转让费支付给丙方也是合法的。在这种情况下，丙方作为受托人，有义务按照委托人的指示处理受托事务，包括接收转让费。
二、可能不合法的情况
无合法约定或授权：如果甲方、乙方和丙方之间没有明确的、合法的约定，或者丙方没有得到甲方或乙方的合法授权来接收转让费，那么乙方将转让费支付给丙方可能构成不当得利或侵犯他人财产权，从而引发法律纠纷。
违反法律法规：如果这种安排违反了相关法律法规的强制性规定，例如涉及非法转让、逃税等违法行为，那么这种操作显然是不合法的。
三、法律建议
明确约定：在进行商铺使用权转让时，建议所有相关方（甲方、乙方和丙方）签订书面合同，明确各自的权利和义务，包括转让费的支付方式和对象。这样可以避免后续的法律纠纷。
合法合规：确保所有操作都符合相关法律法规的规定，不损害国家、集体或第三人的利益。如果涉及复杂的法律问题或不确定的法律条款，建议咨询专业律师以获取准确的法律意见。
保留证据：在交易过程中，保留好所有相关的证据，如合同、转账记录、沟通记录等。这些证据在后续的法律纠纷中可能起到关键作用。
如果您在商铺使用权转让过程中遇到任何法律问题或不确定的情况，可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况，提供专业的法律意见和帮助。