法院判决会综合考量合同效力、租金拖欠情况及违章建筑处理等因素，可能判决解除合同、追缴租金并处理违章建筑相关责任，具体分情况如下：

1. 关于合同效力

   • 若租赁合同中明确约定了租赁物包含违章建筑部分，根据《民法典》第一百五十三条，违反法律、行政法规强制性规定的民事法律行为无效。违章建筑因未取得建设工程规划许可证，其租赁合同整体或涉及违章部分可能被认定无效。但若仅部分建筑违章，且合法部分可独立使用，法院可能仅认定违章部分无效，合法部分仍有效。
   • 若承租人明知是违章建筑仍签订合同，可能被认定为存在过错，需承担部分责任；若出租人故意隐瞒违章事实，则需承担主要责任。

2. 关于租金拖欠

   • 无论合同是否有效，承租人实际使用了租赁物（包括合法部分），均需支付实际使用期间的租金或占用费。法院会根据实际使用情况、合同约定及双方过错程度，判决承租人支付拖欠的租金及可能的违约金。
   • 若合同被认定无效，租金可能调整为参照市场租金标准的占用费；若合同有效，则按合同约定执行。

3. 关于违章建筑的处理

   • 法院可能判决出租人限期拆除违章建筑或恢复原状，并承担相关费用。若因违章建筑导致合同无效或解除，出租人可能需赔偿承租人因此遭受的损失（如装修损失、搬迁费用等）。
   • 若承租人自行搭建了违章建筑，法院可能判决其自行拆除并恢复原状，或由出租人代为拆除并由承租人承担费用。

4. 综合判决示例

   • 情况一：合同部分无效（仅违章部分无效），承租人拖欠租金多年。法院可能判决：解除合法部分租赁关系，承租人支付合法部分租金及违约金；违章部分无效，承租人支付实际使用期间的占用费，并限期搬离；出租人自行拆除违章建筑，承租人配合。
   • 情况二：合同整体无效（全部为违章建筑），承租人拖欠租金。法院可能判决：合同无效，承租人支付实际使用期间的占用费；出租人返还承租人已支付的租金（如有），并赔偿承租人合理损失（如装修损失）；双方各自承担因合同无效产生的部分费用（如诉讼费、拆除费等）。

建议：若您是出租人或承租人，建议尽快收集合同、租金支付记录、违章建筑证据（如规划部门认定文件、照片等），并向法院提起诉讼或应诉。法院会根据具体证据和法律规定作出公正判决。如有进一步疑问，可直接向我咨询。