毕业生三方协议是可以设置违约金的，但具体设置及违约后的处理需遵循相关法律规定和协议约定。以下是对此问题的详细分析：
一、三方协议与违约金设置
三方协议，即《普通高等学校毕业生、毕业研究生就业协议书》，是明确毕业生、用人单位和学校三方在毕业生就业工作中的权利和义务的书面表现形式。该协议中通常会明确约定毁约方需承担的违约责任，常见的形式即为支付违约金。违约金的数额由三方协商确定，并在协议中明确标注。
二、违约金的法律基础与限制
法律基础：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。因此，三方协议中设置违约金是有法律依据的。
限制条件：虽然法律允许设置违约金，但违约金的数额应当合理，不得过分高于或低于实际损失。如果违约金的数额过高或过低，当事人可以请求人民法院或仲裁机构予以调整。
三、违约后的处理流程
与用人单位协商：毕业生如果希望毁约，首先应与用人单位进行协商，看是否能够达成一致意见，允许毁约并确定违约责任和赔偿方式等。
签订解约或补充协议：如果双方能够协商一致，应签订一份解约协议或者补充协议，明确毁约的相关事宜，包括违约责任、赔偿方式、解约时间等。
承担违约责任：毕业生需要按照协议中的约定，承担相应的违约责任，如支付违约金等。在此过程中，应保留好相关证据和凭证，以免日后出现纠纷。
通知学校：毕业生还需要及时与学校进行沟通，告知学校自己已经与用人单位协商一致并承担了相应的违约责任，以便学校能够及时更新就业信息并进行相关处理。
四、特殊情况下的免责
在一些特殊情况下，如因不可抗力因素（自然灾害、政策重大调整等）导致毕业生无法履行三方协议，毕业生可以与用人单位协商免除或减轻违约责任。
五、注意事项与建议
认真阅读协议条款：在签署三方协议之前，毕业生应认真阅读协议中的各项条款，特别是关于违约责任的条款，确保自己充分理解并接受其中的内容。
及时协商与沟通：如果需要毁约，一定要及时与用人单位进行协商，避免因为拖延而导致更大的损失。同时，也要与学校保持沟通，确保学校能够及时了解并处理相关事宜。
咨询专业意见：在实际操作中，建议毕业生仔细查阅自己所在地区的相关规定和具体协议的条款。如有任何疑问或不确定之处，可以直接向我咨询，以确保自己的权益得到妥善保护。
综上所述，毕业生三方协议是可以设置违约金的，但具体设置及违约后的处理需遵循相关法律规定和协议约定。毕业生在签署协议前应认真阅读条款，并在需要毁约时及时与用人单位和学校进行沟通协商。